mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGAGGAAGAGAGTAATTATG TAGTGGCTCTCTTTCACAAAT ACAACCTTCACTAGAGGAAGAGAGTAATTATGCGACACAATAGAACATTCATGTGTCTTGCTCACACAGTGATCCTGTTTGAATATAGTGGCTCTCTTTCACAAATACCACATG CATGGAATATATTTTTTATTGATTTACGCAAACAGGATGATGAATAAAAACCTGAGCATAAATAACCAGTATAAAACATATTGCCAGTAATACTCCAAAATGCAATAGATTATAGACAGTCTATTGCTCTTCTGGTTTCTTGCTCCGCTATCTGTGTGTCACCACAACTACTGAGGTCAGGGTTCAGAGTTTGAAGGTCATGACCCTTTGGATCACTTGTTTTTCCAAGTGTATTCGGTCTCTATCCTATACCTCCCAAAACTTTCTTGGCTCAGCCTAGTTCACACACTATCGTCAAAGCTATATATATTTGTGAGAACTCTAGACGCTTCAAATGCCTTGAAAGCAGCTGCATCTACACAAATAGCATCATAAGACAACCTTCACTAGAGGAAGAGAGTAATTATGCGACACAATAGAACATTCATGTGTCTTGCTCACACAGTGATCCTGTTTGAATATAGTGGCTCTCTTTCACAAATACCACATGCTTCTTGCTTCTCAATGAAAGCGCCTCAGTACAAATGTGCATTTACTCAAACCAATGAATTACTTTTGCCTTGAGAGCTAATACACACTGTTGCATATATTAGACATACATATTTAACAAACACCTTTAGGCCGAGTTTTGTTGAAACAGACAACTCTGTAAAATAATAACTTATATGTAACTAATTTGGCATGGCTCAGATAGCTACCTTGTTATGAGGTTAGCGAGCTATGCACTGATGAATTTAGCTTATATAATACTGATTGTGATCACATATTAAACCATATGACTAAGACCCTCTAATACAAGATGGTACTAGTTAAATATCTAATTAATAAATGCCATAACACTCCCC 5 0 5' arm Thymallus_thymallus mirnest 100 100 -26.7 ...............((((((((((.((((((.((((((...((....)).))))))....(((.((((.....)))).))).)))))).)))))))))).............. (-26.7)