mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAAGAAAGGCAGTGCACT TTCACTCCTTTTATCTGCT TATTTTTTCAGTGGAAAGAAAGGCAGTGCACTAGATTCTCTCATGGGTTCACTCCTTTTATCTGCTTGGGGTGT GTTGGGGCGCGTGTACAGACACACATTCACTCACTACCAAAGCCCTCTTTGTCTTCCTACAGATTTCGTTTTGCATATTACATGACTGATTTATTTGCTTTGAGGCTTAATGGATAGTGGATGAAAGAAAAAAACAAAAAAAACAGCCTGATTTTTTTATTTTATTTTTTCAGTGGAAAGAAAGGCAGTGCACTAGATTCTCTCATGGGTTCACTCCTTTTATCTGCTTGGGGTGTGGTGGTGTGGGGGGGGGGGCAGGCAATGGTCTTTCCATTTTAAAGTGGGGGAAGTTCTACCCGGCACTTGTAAAATTTTGGAAAATGAGATGGCGAATTGAACCTTAATTTGTACAAAGATCCAAATTGTAGAACAGAAGGACCAATACAGCCCATTTTGTAAGGATTTTGAATGTTTTTGTAAATGTATTGGTCCGTGTGTTGTATTTTGTAGTCCTTTATAGTTGCCTTTAGTTCTTGCTATTTATTTCCTGTATGTATGCATACTGTAGTTAACTCATTAAACAATTGAACTGC 2 2 5' arm Thymallus_thymallus mirnest 100 100 -17.6 ....((((.((((((..((((((.((((.(((.((.....))...))).)))))))))).)))))).))))... (-17.6)