mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTGTCTGTCTGTATTTTGCT TGGGCTATTCACAGATAATAGCA CATTTCACACAGTGGGCTATTCACAGATAATAGCATAGCCTTTAGCCAACGTATCCACCTAAACAAAGGTACACAACATAATATAAAAGTCTGCGTGTCTGTCTGTATTTTGCTGTGGGTTCG GGGTCACATTTTAAAGCTTATCAGAAAAAGTGGTCAGTGTTACTTGCACTGGAACCTGTACTTATCCATACATTTCACACAGTGGGCTATTCACAGATAATAGCATAGCCTTTAGCCAACGTATCCACCTAAACAAAGGTACACAACATAATATAAAAGTCTGCGTGTCTGTCTGTATTTTGCTGTGGGTTCGTTATTCTGGAAGTGTTAAGAGAGCAGGGATGTATTGTGTTTATGGACCATCTCCTCAAACTATCATTCTTTTCTAATTCAAATGTGGATACTACATTCACTATGCCAAGACATGCGTTCAGAGAAATGTTTACCGGTAGAGAATCTATTCAGTATATACACGCCTTATCCGCCATTATTTTTAAATGAGAAAATATGAAAATACCACTCAAATGTTTTTGATTTGCATTATTCTATACCGATATTACAGATGGACATGTTGTACTTAGTGTATAAGTTATCCTGCTACAGTATGTGTCAATGTTATATATTATGTGTTATGGTAAAGTTCTTACGTTAGAAGTTAATGTACTTAACTAAATCAGTCATTTTGTAGTAGTGTTAATGTTGATTTAATTGCCTTTTTGTTACTGATTTCCATTTCTCATGTACATCAATTCCAATGTTTCCAATCTTTTAAGAAATGTCAAATCATTGGTGACATTTGTCCAGACAATATACTGTAGAGTGCTATGTCTACAATAAATTGTTCCCTTGG 4 2 3' arm Thymallus_thymallus mirnest 100 100 -25.5 .......(((((((((.(((..(((((((...(((..((.((((............((((......)))).............)))).)).))).)))))))..))).)))))))))...... (-25.5)