mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCAGCAGACAATAGGACTTTG AAGTCTGATTGTATTGCTT CAGACGCAAATTAATTTAAATCCATGAGGATGCAGCAGACAATAGGACTTTGTATCCTACAGTGCGTTGGCTTTAAAAAAATGCTCTGATTGACTTCATTTCGAAGGAAGTCTGATTGTATTGCTTCTTGGTTTTGTTAACACCCTGTCCCCTC GGTGTACGTGATCTTTTACTGTTCAGATTATCCAGACAATTTTGTAGGCATGGTAGTCCAATGGACTCGAGATTCATTCACCGTCATGCTCCAGTCGTTTGCTGTGGTTTCACGGAGCTGAATATTTTTGTAATTAAACCTGGAGTGAAGTGTAATTCCTCAGATCTTTTGGATGTGAGAATCTCCTTCCTAATTATTTTGTCAGAAAAGAAACGGGTCTTTTGTAATACTATGTTTTCATATAGGTTTTTGGTTCTATCAGCTTGTTTGCGTAATTTCGAATCCCCTATTACTTTTTTATTATTATTTTTTTTTTTAACCTGTAAGCTGTTTCTACTGAACTTTTTCCCCCAGACGCAAATTAATTTAAATCCATGAGGATGCAGCAGACAATAGGACTTTGTATCCTACAGTGCGTTGGCTTTAAAAAAATGCTCTGATTGACTTCATTTCGAAGGAAGTCTGATTGTATTGCTTCTTGGTTTTGTTAACACCCTGTCCCCTCCTTGCTTTGGTCTGTAGCTGTGTGCAGTGCTTATATCGCTCCAGCAACATCACAACAACGCTTTCTGTTCCTTTTAGTTGCTTAATGATGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAGAGAAATTGTTAGATGACGTTATACAGTTGTATTTTTACTCTATTTTTGGAATTGGTTTGTCAGCCTTGTGTTTGGTCAGTCCTTGCAATGTTGCTTGATTGTTATTAAACTGATTGATGATCTT 3 2 5' arm Thymallus_thymallus mirnest 100 100 -31.7 ..((((....(((((..(((.(((...(((.((((...(((((.(((((((...((...(((.(((((...........))))).)))...))((((.....))))))))))).))))).)))).))))))))).))))).....))))..... (-31.7)