mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTTTATTATTTTGTATTT ATATAGAGAAATATATATAT CTGCTGCATGTAAGTCTCAAAGGAAACATAGTATATAGAGAAATATATATATCTATAGAAATAGATGGCTATGATTTTATTATTTTGTATTTTAATTTTACTTCCTGACTTGCAAAGGAGA GGGGGGAGGTCTGGGACATGGTGCCGAGAGCTAACCCTATCTTCCATGTTCCTGGGCAAACATATATACCCAAATTGATTGATTATGATTGGTGAATCAAAACCCGTTGTACACAATACATGTAGATTTAGACTTGCTTTTCATACATGGACTTTGCATTAATAAATATGATGTATAGCTGAATTACTACATTATTAATTAATAAATAAGAGCATCTAAGGATTCCCACCCCACAGCTCTACCCCACCAATCCTCTCTCAGGAGGTTTTGTAAAGGGGCGGAGACATGCTTCAGCCCTGCTTCTATTGGTTCCCCTTTCCCTTGCCTGTAAGTTGTTGCCACACCCCCCATGTTTTGCAGCTCAATATGACTTCACTCCACTAAAGTGACTGCTGCATGTAAGTCTCAAAGGAAACATAGTATATAGAGAAATATATATATCTATAGAAATAGATGGCTATGATTTTATTATTTTGTATTTTAATTTTACTTCCTGACTTGCAAAGGAGATATTTGTGTGTACTGTCTCTACCATGCATCTTCTGCAAATTACATCCTCGCTCCACAGTGGTGTTATACGTTAACTAAACCTCTATAGTGTGATGGCCTTGAATGCAACTCTGTTCATTCTGTTTTAACAAAATATCATTTTCGTTTTTTGAGAACAAGCAATGAAAAGAAAATGAGAAAAAACTAAATAAAATAATACGTTTTGTGTCCGGCTTTGACATGATGATCTACCTAACACTAATATTGTAACTGAAATATGTATGATCCTGTGACCTTTTACCTTTCACCCCCTTTCAAAAAAAATAAAAAATAAAACATGACAGAAAAACTCCAATGTAAAAATGGTATATGTAGTGTATGCTTGTGTTAGTGAGGCTCACACTCTTTATTTAGAGTATGGTGGTGACCAATGATGGTGCTGT 5 1 3' arm Thymallus_thymallus mirnest 100 100 -21.2 ((.((...((((((((...(((.(((..(((.((((((((.((((.((.(((((((....)))))))......))..)))).)))))))).)))..))).)))...)))))))).)).)). (-21.2)