mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTGGGGGGTGGGGGGGGCAT GTCCCTCCCCCCTCCGACCGC GCTGCCGCCGCCCGTCCCTCCCCCCTCCGACCGCCTCAGGTGCGGGTGGTGGGGGGTGGGGGGGGCATTCCTCTCCCG GGTGGTGGTTGTGGCGGTGTTGTGACGATGAGGGTGAAGTCTTTCTCACAAGTTTTTTGCTGTTGGTGGAGGTGACGTGTGGCCGCGGCAAGATGGCGGCGTGGCGTGTGTGTGCGTGTTGATAAATGGTGTGAGTGTGGACGTAAGGCTGATGTTGACAGGGTCTGCTGCTCCCACTGCTGCCGCCGCCCGTCCCTCCCCCCTCCGACCGCCTCAGGTGCGGGTGGTGGGGGGTGGGGGGGGCATTCCTCTCCCGGTGGCCAGGTGCAGGGCGGCGGCGGCGGCGTCAGGAGCCTTCTGCTGCTGCTCGTGACTTTTGTTACCGATGATAACCTTAACCAGAGTCAGACTTGGATAGGCGGCAGCGGCGAAGGAGGCGACGGTAACTAGTCAGTGGACGTGACTAATACCAGCTTTAACCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGGCGTCCTGATACCCTCGCACCGTGACGGGTCTCGGTCCCCGTGGGAGGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCGTGGCACGGCC 2 2 3' arm Callinectes_sapidus mirnest 100 100 -39.1 ((....)).....(((((((((((((((.(((((((.......))))))))))))).)))))))))............ (-39.1)