mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGTGATGATATGCTGAAA TTGGCAAGATTATTATCCAGGGG CCCCATATGCATTTGGAGCAAGGAAGTTTATGAAATATTTACTTGGTGATGATATGCTGAAAATATTAAACCATAAAGATTGGCAAGATTATTATCCAGGGGAAAAATATGTCCAGAGGAACATTCTAGCACCAATTATT ATTCATTTATTAAAGAACTAAGAATTAAGGTATGGATAATATGAAAATTTTAGAGCAATGTGCTAAAGCACTTAATGCATTTGCTGTCACATTGGAGTCATCGGATAAATTTATCAGCAATTATTGTAGAAGTACAACTTATATGGAATTGACTGAACAAGTTAGGAATTTGATATTGGAAATATTTTGGGGATGCCTTGAAAATCAAAAATTCATAGAGGCTGTTATTTCACTTTGTTCTACAAAAACGAATGTCGTTCCTGAATCGACAGAAATCAGTTTGCATTATGTGCTGATTTACGTCGTCATGTTTAAATTAGAAAGTTTTGGATTTGAAAACTGGAGAATAATGATTTTATCCCCATATGCATTTGGAGCAAGGAAGTTTATGAAATATTTACTTGGTGATGATATGCTGAAAATATTAAACCATAAAGATTGGCAAGATTATTATCCAGGGGAAAAATATGTCCAGAGGAACATTCTAGCACCAATTATTAGCAAAATCAAAAGTTTCAAACTGCTGTTTTATTCCAAAGAATTTTATGGATCACGATCAGAAACAAATTCTATGTGTGGATGGACAACTGTTCAGAAAACCTCAACTGCAAAAGATAAAAAGAGAAGATCGACTATTATGC 3 2 5' arm Peripatopsis_sedgwicki mirnest 100 100 -28.6 ............((((.((.((((.((((.((..((((((.((((((((((((.((((((...................))))))..))))))).)))))....))))))...))...)))).)))).)).))))..... (-28.6)