mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGCATGTGTGTGTGTGT ACACACGCACGTAGACACACACA GTTCTTAGATATATATGAATAAATAAACACACACACACGCACGTAGACACACACACACAGACAGACACACATGTGTGTGTCTGCGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTACGTTAGAACGTATATATTTACGCA ATACTTACATGCATATGTAATATATTCCGCTGTATACATGTATATAATAGATATATCTACATATATATACATACACACCTAAAGGTTCTTAGATATATATGAATAAATAAACACACACACACGCACGTAGACACACACACACAGACAGACACACATGTGTGTGTCTGCGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTACGTTAGAACGTATATATTTACGCATGTATGTATATGCATCTATATCTACATCTATAACTATCTATCTCTCTATATATCTCTATAATCTCACTATCTGTCGATCTATCTATCTATCTATATGAATATGTACATACATATATATTCAAAGATACATGCT 1 2 3' arm Fenneropenaeus_chinensis mirnest 100 100 -63.4 .....((((((((((((..(((....((((((((((((((((((...(((((((((.((((((.((((....)))).)))))).))))))))).))))))))))))))))))...)))...)))))))))))).... (-63.4)