mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTTCTTTACAGAGGGAGTA CCCTCCGTGAAGAAATATA TAATGGCCAGTTGAGTTGGGTTCCCTCCGTGAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTAAAGTAGTGATGTAAATGCTCTTATAGTTCTTTACAGAGGGAGTACCTACCAATTCCCACAGAC AGCGATTGACTTTCCTTCTGAATTAATCATCTATAATTGTTCACTTCTAGTTATGCCTTGAAGTTATAACATGACATTTGGTTTAAACTTCAAAGGTCTAGTGATTAGAATGTTGATTGGTAGCCTGGACTTCACAGCCTCCATGTATATCGTTAATGGCCAGTTGAGTTGGGTTCCCTCCGTGAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTAAAGTAGTGATGTAAATGCTCTTATAGTTCTTTACAGAGGGAGTACCTACCAATTCCCACAGACATGAACAATGTCAATACATGAATCAGGTGTTGTAGAAAGTTGATCAGAAGTTCTTTCCTGTATCATCGTGTTTAGGACTGAACTG 4 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 9e-24 tae-MIR1121 3e-20 -52.1 ...(((..(((((.((.((((((((((.((((((((.((((((((((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))).)))))))).))))))..))))))))))).)))..... (-52.1)