mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGTTTTGTTTTTTGTTTTG AATCAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCAAAAAGTTTTAGTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTAATTCATTAAAGACTTTTAACAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA TAAGCAGTGGTAACAACGCACAGTACGCGGGATTTTCTGCTTGAATATAAAAACTAAACATGATGGATTGTATGAAGTCCCTCCTTTTTGTAGAGACTTCACTGGTCAGAATTGGCTAAGATCTTGTGGTGATAAGTTTTTATGAAACACAAGAACCCTTTTAAGGCCTGCATTTGTTAAGCTTTTAAACAAAGAGGTTTCCCCTGCAGATTGCAATATGATTGGATTCGTTCATAATCAGAAACTAACCGTTATAGCAGTGCAGCAGGGGGCAGGGTGTTAACAATCAGTCTATAGCAGCAAATAAAACGAATTGATCCCTTTTTGTGATTATTTATTTCTGTTTCTCGAGTATATATTTGCTCCTCGGAGGAGAGCACGACTGTATGCGTGGGCAGGGAGCACGGTGAAGCGCTCTAGACACAAAAGGGATAATCTGCTAGGCTTTGATTATTTAAACCACGCAACTGATCTGAGCTTTTTGCAATGGGTTCTTGGCATTTTTTTCCCCTTTATGTTTGTTACTCAAAAGTGTAATACTACCTGAAATATGTTTGTAATGTCTTAGGCTAGTACCAAAAAGTTTTAGTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTAATTCATTAAAGACTTTTAACAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGTTACCACTGCTTA 4 0 5' arm Astatotilapia_burtoni mirnest 100 100 -13.7 .........((((..((((.(((((((.((((((.((.((......)).))..)))))).))))))).))))..))))........ (-13.7)