mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCTTGCTTCTTTATTTTC AAATAACTAGCAAGGTCACG TTTTTTTTTAGTCATCTTGCTTCTTTATTTTCAATAATGCCATGCTTTGATCGGACTATGAGCATTTCTACGACTGTTTCTATAAATAACTAGCAAGGTCACGTGGTCGGA TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTCATCTTGCTTCTTTATTTTCAATAATGCCATGCTTTGATCGGACTATGAGCATTTCTACGACTGTTTCTATAAATAACTAGCAAGGTCACGTGGTCGGAGTATTACTATTACCAGTTCATTTAAAAATGTCCTATAATGGCAATTCAAATATTTCTAAGGGATTATTTTAATCTAATAATAGCAATTCATAAACTAATTTATTCCTAAACAATAATTACCATAAAATAATCTTGAGACGATTCATTGAAGCCCTCGAGGCAGAGAGGACAACAACAGAAAGTTCCAAAACAATCTATTTTTTCATACTTATTACTTTTAAAAATGTATATATTATTCCTGATAAGTTCGTAGGTTTTGTTGCCGAGGCAGAAAGGCAACAACAAAATCCACTTGACGGGTTTCTTGACATTTCTCGATAGCATTTTTTACTAACTACATAATTATCTTACTGTAGTTCATTTAATTAGAATAAGTAGTATCTAAATCTATAACTCTTGTTTATTGTGCAAATTCTTTCTCTTTATTGGTGCATTTGATTTTAATCTTGTGCAAAACCTGTATATACTGCTACGTACATTCTTCGGTTTCAGCGAGTTTCTTCAGCTCAGGTTCGGATGCTTCTGATAGGTTATCCGTGGAGCGACGCAGAGTTAGCTGTTGGTTCTCGTCATCACCAACAAGCCATGAAGCTGGTACCCAACCCTCTTTG 5 1 5' arm Aiptasia_pallida mirnest 100 100 -17.8 ..........((.((((((((...((((((.....(((((((((.(((....))).)))).))))).................))))))..)))))))).))......... (-17.8)