mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAGAAAAGCAGTGTTAA GACCTGCTGAGTTTCTCCAGA AGTACGCTGCTTGACCTGCTGAGTTTCTCCAGAATAGTGTTTTTTCTTCAATCACTGAGTTTGCAGACTTTAGTGTTTTACTTCACAAAAACAAAAAATGCTGGCAATGTCAGCAAGTGAGGTAACATGGTGGAGAGAAAAGCAGTGTTAAGCCTCTGGC CATCACTTTCTTTGTGTGATGGAGACATGGCAGATGCTGGAAATCATAAAAAAAGCAAAAAATACCTTTATCATACCTTTATGTAGGTCTCAAGCCCGAAACATTGGTTAGGTATCTTTATCTTTACTATATAAAGTACGCTGCTTGACCTGCTGAGTTTCTCCAGAATAGTGTTTTTTCTTCAATCACTGAGTTTGCAGACTTTAGTGTTTTACTTCACAAAAACAAAAAATGCTGGCAATGTCAGCAAGTGAGGTAACATGGTGGAGAGAAAAGCAGTGTTAAGCCTCTGGCTCAATGACCTCTCCTGAAGAGTCATCTCTCCTCATTTGCTGCACAGTTAAATGATTGTCAAAACAAGTGTGGGTTTGGATCTGACTACTGTGATATTGAAGATCATGACAGAGACATTAATAACACAACAACTTTGTTGTAAAGAGAACTCTAAACAAAAATATGTAGGGAGAAAATAAAAACTGCAGATGTTCGAATCTTGAATGAGTCTGCTCGATAAAGGGTTCCAACTGAAACGTTGGCTGACCATTTCTCTCCATGGATGCTGCCTGGCCTGCTGAGTCCCTCCAGCTTATTGTTGATCAAACAAAATCAGATTTGTTTGAGCACTGTTTAGAGCAGTGGTTTTCAAACTGCCTCCCTAAACTCACGTTCCACCTTGGGCAATCCCTATGCCATAAGTGCTCTGTGATTGGTAAGGGATTGTTTAAGGTGGTATGTGAGTGGGAAGGGAAGGTTGAGAACACTGCTCCAGACCCAATTGTTACTGAAATATTTTGCTTGAGAAAAATTTGTCATTGGGCCATTTCCGTTGGAGGTTTTAAACCG 2 2 3' arm Torpedo_californica mirnest 100 100 -46.1 .....(((((((((((((((...((((((((.....(((((....(((((....((((..((((((..(((..((((((........))))))..)))..)).))))..))))....))))).)))))..))))))))..))))).)))))))....))) (-46.1)