mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATAAAGTAGAAAGCACTAC AGTGTTTCCTACTTTTTGAT AGACAGTGCAGTCATCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACCATTCAACCCAGTGTAGTGTTTCCTACTTTTTGATGGGGGCACTGGG AAGAACCTTCACCGAGGCCGAGAAACTGGGCAATACATCCTGGTATAATGTTTCTGTGTTTCGTTAAAATCTGTTGTGGTGCAATATTTAATGCAAAGAAATAATTGTAGAAGCCTTGATGTGGTGGATGTACAAATGTTAAAATCGTTTTATTTTACAGCTTGAATTTGTATTGATTTCGGGTTAAAAATGTGTCGCTTCGTATTTTCATTGAATACATACTAAGATTGCTACCGATAGCATTAGTTAAGTGAGCTCCATTGTCTGGTATGAATTTACTTGCTTTTGTCTTGGGTGTAAGTTAACCGTGTATTGTAAAGAACTAAAGGGCTCTAGCCGGTGCACATGGACGCTCTTACAGTCAGGCCAAACTTTCTGAACATCTTGGTATCTGCTCAGCAAGCCTTTGAGTTCTGCCAGTCCATGGAACTCCGGTCGGCTGTCTAGAGACCAATTGGTTTGCGCTTGACTGGGCTCCTGGGCGGTCGGCGGAGAACTGTCTTATGATTATTTTTCACAAACGTGTTCCATGAATTTGATTAGATCGCAGATAAAGCGGTTTATATGCAATAGTTCATTCCGCGTTATTATAATTGTCACGGGTGCAAGCGCACATGGAACTCCGTAATGCAAGTGCGCCTTGACTAAACAGTCCCCGTTAGAGGGACCTGTTGGGAAGCGGCTAATCAAAGTGGAAATACACCCGCTTTATGTCATTAAAATGGGCATAGATAGAATGTGTAGAATGTGTGGACGTGCAAAGCAGAAGTTCGGGACGGCGCTGGAGCGAAGAGGAAGAGGACCTTTGATAGACAGTGCAGTCATCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAAACCATTCAACCCAGTGTAGTGTTTCCTACTTTTTGATGGGGGCACTGGGA 4 0 5' arm Torpedo_californica mirnest mir-142 4e-19 dre-mir-142a 1e-21 -31.4 ...((((((..(((((...(((((((.(((((((((..................))))))))).)))))))..)))))..)))))).. (-31.4)