mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGCATGTGTGC GCTTGTGTAGACAAACACATA AAAAAACAATGTGCTTGTGTAGACAAACACATATACAGTATGTGAAGGCATATATATGTATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCAATGTATTC GGGGGGATTCACCTGTGACCAGTTCCCCAGCTCCATGTGAACCACTGTCACTGAACTCTCCCTTGATCTTAACTGGATTCCGTCTCCTGTCCTTCCTGACTAGTTTCCTGAGGTGAGGTGCTGTTTCATCCCATGCTACCCATCAAAATGATGCCTTGGTCAGCAAGGGGACAACTTCATCTCATGACTGCAAAATTGCCAAGTAAGAAGAACAGTCCTCAGAATGATGCAGTGGCTCATTCGTTGTGAAAACTGGGGTCAGAGCAACAACAACCAAGACTACTGTAAATCTGGGGTTCGAAGAACATCCTCCATGAGGTTCGACTTCTAATGTGGTCCTCACTGCCCTGATTGTCTCCACAAAGAGGAAAAAAACAATGTGCTTGTGTAGACAAACACATATACAGTATGTGAAGGCATATATATGTATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCAATGTATTCATTCAGTGCCTGTAGTGTTAAGTCTCCAAAGCCA 3 0 3' arm Cynoglossus_semilaevis mirnest 100 100 -35.3 .....(((.(((((.((((((.(((.(((((((((((.((((((...((((....))))...))))))))))))))))).))).)))))).))))).))).... (-35.3)