mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATATTGCTTCTTGGTTTAT GAAAAAAAGGGGGAGTATCATA GATATGTTTATTGAAAAAAAGGGGGAGTATCATATAGGTATCATATTGCTTCTTGGTTTATACAAACACA GATATGTTTATTGAAAAAAAGGGGGAGTATCATATAGGTATCATATTGCTTCTTGGTTTATACAAACACAGTGAACATACAAAGTTTAATTAAACAATCCATCTTAAATGAAGGATACTTGTGTCGTAAGCTGCCTCAAAAAAATTGAACATTTTATTGATTGTCTGGGGAGAGCACCCATATAAAACAAATACATTTCTGAAAAAACACATTTCCATTTGGGATGTTATCCCTTATGCAATGATTTATTTGCACATGTGGTCCAAATTACAAATATGATAAGTCACATGGTAACAGCCATGTTGTTTGGTTTGGTTGTAAAGCTAACTGTAGCATGGCATTGAACAAAATGGTTCTCAAGCACTTAAATAAAAACCAAATTCCCTTCCTTTATGACTAATTTTATAACGATGTGATACAAATACTTAATAACTTCTGGACCAAAACAGCTGCACTTAGCTCACAAACAAAAATGCCTGGAGATTTGAATAGACCTGGAACTCTATTTTGACAATAAAAAAACAATGGCAACAGTAAAAGAGTATTAAAAATCCACATGATTGAGGAATGGCTATATCTGGGAGGGAGGGGCTTGATTGAAAACGTGTTGGTCCCCCGGCTCATACTTAACTGTATTGTTCTCTGTTTTGGCTCCGTGGTACTATTGGCACTTCATATTTTAAACTCTGTGGAACGCTGTCAGGAAAAATAGAACAGAATCCCAATGACAT 5 1 3' arm Salvelinus_fontinalis mirnest 100 100 -11.6 ....(((((..((((...((((((.(((((.(((....))).))))).))))))..))))...))))).. (-11.6)