mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTACTTTACAGAGGGAGTA CTTCCTCCTTAAAGTAATATA TAAAGATTTATACTTCCTCCTTAAAGTAATATAAGAACGTTTCTAAACGCTCTTATATTACTTTACAGAGGGAGTATTTAGGAAG ACCTAAATTCATCCATTTTGCTCCGAATATAGTCTATAATGCAGTCTCTCTAAAGATTTATACTTCCTCCTTAAAGTAATATAAGAACGTTTCTAAACGCTCTTATATTACTTTACAGAGGGAGTATTTAGGAAGGGAGGAAGTTCAACCGAACCTCTTCAATTCAATTGATAGATCAAATACACCAATGTACCTTTTTAGCTACAGAAACGAACGCCCGGTGTATATGTGTGTATATGTTGCACAAAATAGCAAGATTATAGCTTGCGCAAGTCTAATGGCCCTTCTGGTAACTTAACCTACCAGCACACGGCCTCATGGCCTACTGCTCAAAGCAGCAGAGCTGCACAGGCCGCTACCAGCAGAATGCAGGTGCTTGCAGCTGTTGTGTGAGCGTCAGACGGCGATGAGCCCGGAGGTGGGGCGGCACCAGGAGGTGCATTCTTGGACGCGACAGGCGGGAATGGCGGCTGCTGCACCTCTGTTGCGTTCAATC 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000000002 tae-MIR1121 0.00000002 -30.3 .........((((((((((..(((((((((((((((.((((....)))).)))))))))))))))..))))))))))........ (-30.3)