mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAAACAAAGCATTTGTGTT CTCAAGTACTTTTGTGTGTCAG TTCCAACACTCAGACATCATTTACAAACAAAGCATTTGTGTTTAGTAAGTCCTCCAGATCAAAGGCAGTAGAGATGGCCAGGCATGTTCACTTGACAAGTGTGTGAATTGGACCATTTACCTGTCCTGTTAAGCTCAAGTACTTTTGTGTGTCAGGGAAAATGTATGAGTGAA CGCAATTTTCTTATTTATTTTATGGATAGCCAGGGGCACATTCCAACACTCAGACATCATTTACAAACAAAGCATTTGTGTTTAGTAAGTCCTCCAGATCAAAGGCAGTAGAGATGGCCAGGCATGTTCACTTGACAAGTGTGTGAATTGGACCATTTACCTGTCCTGTTAAGCTCAAGTACTTTTGTGTGTCAGGGAAAATGTATGAGTGAAAAGTAAATTATTTTCTTTAGGAATATAGTGAAGTAAAAGTTGCAAAAAATATAAAATGTACTGATACCCCCCAAAAACAAGGAGAGGTAGCAATTTTTGACAATGGAATCCAGCCAAGAATATTCCTGTAGTTTGTTAGGGTGGGATCAAATTCTTTACAAGTTCCATTTCTCCTACTCTCCATCCTTGAAGTAATTAATCTGCCAAGCTTTGCTTGGTCAACAGAATAGTATAGAAACAGCTTTCACTTCTACAATGAGTGATTACCCCAAGTGAGGGACAACAAAATGCTTAAAGCGGGGCCACAATCATCCAACTGAGGCAATAATTTTCAGAAGATTTTTTAGGTAAACGTTTAGTTTCACAAGCCATAACCTCACTCATCATTAGGATCGGTATAGCCTTGCTTCATCAGACCTGTACACAGACTCGGGAGAGCCTTGCTTCATCAGACCTGTACACAGACTCGGGATAGCCTTGCTTCATCAGACCTGTACAGGCAGACTCGTCATCAGGCTCAGGACAGCCTTGGTTCATCAGACCTGTACACAGACTCGGGATAG 4 1 5' arm Salvelinus_fontinalis mirnest 100 100 -41.7 ......((((((.(((((.((.(((.((((((.(((((.((((((...(((.....)))...((((((...((((((((((.(((...(((((...))))).)))..)))).))))))..))).))).)))))).)))))..)))))).))).)).))...))).)))))).. (-41.7)