mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGCTGCTGCTGCTGCTGTT CGCTGGGGTAGCAATACCAA ATCGGTTTTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTTGAGAATTGATAAGTCGTTTGTTGAATAACTGGTTTATAATCATTCTGATAAGTGACTGCTGAATCCGACGCTGGGGTAGCAATACCAATAATCATCATATTTCCCT TAATCATTATATTTGCTTGAAATAATGGAAATTAAATGAAAAATACCAAACTTGAAAAGTTCGGATAAATATTTGTGAAAAAAATATTTCAACATAACACAGCATATATGTTTCCTTACAAATTGAAATCTTGAAATCTGGAAATTGTTTTTTGAGCAAATTCAAATAGACAGTAAAATATGTTCAGTCGAACCGATCAATTTCTTTGTTCGAATAAAGCTTTAAGGTTTTTGACAGATCCTTTGGATACTTGATTTACATCCGAATCAATGGAGTTATTGTTATTTGAATTCCCTCTTTTAAAATTTGCTTGTCTTTCTTGTTGATTTTCCCGCCAAGCCTTTGTAGCGTCAGACACGCGCCTCTGACTCCCAATATCAATGGGCTGCTTCCGTCCTATATTATCCTCACTGTGATCGTCTGGGGATTCTTGAAAACGAGAGGCTAAGTCCTTGGTCCCTACAAACTTACTGGAAGGATAATCGGTTTTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTTGAGAATTGATAAGTCGTTTGTTGAATAACTGGTTTATAATCATTCTGATAAGTGACTGCTGAATCCGACGCTGGGGTAGCAATACCAATAATCATCATATTTCCCTCGAATTCTAAATTTTTCAATATAATGAGGTTTACAGAATAAATTATCTTTGAACTTT 3 1 5' arm Schmidtea_mediterranea mirnest 100 100 -28.3 ...((......((.((((((((.((.(((((((.(((.((((.((...(((...((((((((((((((....(((((...)))))))).)))))))))))..))).)).)))).)))))))))).)).)))))).)).)).....)).. (-28.3)