mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTATTTACAGAGGGAGTA TTCCCTGTGTAAACAAATGTA ATTGTGAGGGCCTTATGAGTTATTCCCTGTGTAAACAAATGTAAGATGTTTTAGGTTAGTACTTTAGTGATCTAAAACGTCTTATATTTATTTACAGAGGGAGTATTAGGGTTATGTAGTTTTT ATTTGTGTATTGAGACTGTCGATGTCTCAAGTCACATTTATTAAGGGATACAGGGGGTAAGAGATAGTACCATTTACCAACTTACTCTCAGGCGGATCCTGGATTTGGGAGTTGAGTTGCTGATAAGCAACATTCACTTTACTATCATTGATATTAGTTCATGTGGTGCCCAATGCTCAAGTGCAGATATGTTCTTATAGTTTGCCATCGTCATTATTTTTTGATGATTACTTGGTCTATGCGTTGAACTTACCATTCTTGATTGATGAAATCAAGTAGGCTACGAAGAAAGTAATTCCATTGACTAGAAGAAGAATGTCTATTGTGAGGGCCTTATGAGTTATTCCCTGTGTAAACAAATGTAAGATGTTTTAGGTTAGTACTTTAGTGATCTAAAACGTCTTATATTTATTTACAGAGGGAGTATTAGGGTTATGTAGTTTTTTCCCCCTGTACCCTCCTTAGCTCAAAAATGGCTCCTACATAATCAAAGAACAGAAGGTTGTGGCACTTGGGAGTACCAGTTGATTGTCAGTTGCTTCTTTTCATGTTCATTCCATGCTCG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000000008 tae-MIR1121 0.00002 -45.9 ........(((((((.....((((((((.((((((.(((((((((((((((((((((...((....))))))))))))))))))))))).)))))).)))))))).)))))))........... (-45.9)