mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGCTGCTGCTGNTGCTGCT TTGTTTCGTACAGGCGACGC ATGTGGCAGTGGTTGTTTCGTACAGGCGACGCCCATAGTGATTGGTACCTGCTTCTGGAGGTGAAACAGGTTCGACTGAATGGAACGATTGTTTTCCTACCGATGCTGCTGACTGTTGATGTTGGNGTTGCTGCTGCTGNTGCTGCTGCTGCTTGC NNNNAAGATGGGATATTNNCCGGGATGNCNGNAGGGNCGNCTCTGAGTATCCACTAGCGCGGAGGCACTGAACGGATAAAAAGTTGTAGTAGGCGCTGGTGCAGGTGTTTGAGGAGTTTTATTCGGCGTCTCGTCCACCATCATTTCTCCACTTGAGGGACTTTCCACATTTCCTCCGATTTTCTCATCTTTTTCCGCACTTGTGATGTTTCCTCCATTTCTATCGGTTGTGTTACCCCCTTTATCATCTTCAGATGTACGCATCACTTCGACGATCTTATTTTTTACGTAATCCAAAGGTGACAGATGAGGCTTGGAAGGAGCTCCGGAAGTCGATGTGGCAGTGGTTGTTTCGTACAGGCGACGCCCATAGTGATTGGTACCTGCTTCTGGAGGTGAAACAGGTTCGACTGAATGGAACGATTGTTTTCCTACCGATGCTGCTGACTGTTGATGTTGGNGTTGCTGCTGCTGNTGCTGCTGCTGCTTGCTGCTGTGTTGGTGCTGCGATTGTTGCTG 5 1 3' arm Apis_mellifera mirnest 100 100 -43.8 ....(((((((((.((..((((..((((((..(((..((...((((....((.((.(((((.(((((((.((((......))))....)))))))))).)))).)).....))))...))..))).))))))..))).)..)).)))))))))... (-43.8)