mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCTGCTGCTCAAGTGCTTAT AAGTACTAGTGCCGCAGGAGT TTAATCCTGTCTTGTTCATAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTGACTAGGTTGGGTTAGAAATTACCATATCTCCTGCTGCTCAAGTGCTTATCAATGGGTCCGGACTCACA TTAATCCTGTCTTGTTCATAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTGACTAGGTTGGGTTAGAAATTACCATATCTCCTGCTGCTCAAGTGCTTATCAATGGGTCCGGACTCACATCTATTTCTCAAAATTATGTATTGAGACTTTTTATCTAAAGTAAAATTTTGTCATAATACCTAAAAATTCAAGATTGTAATTTGCGTATGTTAATGTAGTATTGCAATTTTTACTCCATATTTATAATAATTTTTTCTATACAAATATATTAGAAGTATAAATAAGTAAAAGAGAAAAAACACTATGCATAAATGTATTCAATACATGATAAAATATTGATATTGAAGAATAAAAAAAGTATTTATTGGAGGTACTGGGATTTGAACCCAGGACTTTCAGCATGCGAAGCAGACACTCTACCACTGAGTTACACCCCCAGTTGTATGTTGTGTGTTTTACATAAATTAAATGGTACAATTTTATTATTTGAATCGTAAAAATATTATTTTGATTCTAACATTTATTAAATTATATATAATCATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAC 4 0 3' arm Apis_mellifera mirnest mir-252 6e-43 ame-mir-252 6e-52 -31.3 ....(((...((((((.(((((((((...((.(((((((.........(((...........)))...))))))).))...))))))))).))))))...)))...... (-31.3)