mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATATACACACACGCATATT TATGTGTGTGTGTGTATATAT AAAAATGTGTATATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATACACACACGCATATTAAAAACACT TCTTGTTAATAAAAAAAGCAACTTTTATTTTTTAGCGTTATTGTAACATGTATAATTGAATATTTTTTGTCTTAGAACAGTCATTCTTACTCTTCATATTACCCAAATATTTTTCCACATCTATTCCAACTCTTGAGATAAACAAGAATTAGAGTAATGATATAATTGAAACATGCCGTTGTTGCTGCCTCCCTCTTTTTTTTCAGTGCTCATTAGTATAATTTAACAATGATATATTAATAAATATTTCAACATTATTACAAAAAGTTGTAATACTTATACATATAAAAATGTGTATATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATACACACACGCATATTAAAAACACTTCCAATTGGTAACTTCTGTAAAGTTACATCAATTTTTTAAACTTGCTACTCATAAAATTTATGAAACTATTCGCCTATTATAAATACATCATACCGTTTGTAAAATATTCTAGCGTTTGAAATTCAATATATTTTGTTCTGTAACTATATTCATAAAGTGTGTTTCATATGAATTTGTAAGATAAAATTTTTTAACTACAATATTACTTTACTTTTGCATCAATTATTATTCAAATCTAGTTATATTATTTTGTATTACATACTCGTTATCAATTGTTTTTGCTTTCTTATAAAAATACTTAAAAAATATTTAATAAATCAAATTACTCTAGT 1 0 3' arm Apis_mellifera mirnest 100 100 -26 ......((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))).....)))). (-26)