mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAATTTTTTCCATTTTCC TATGGAAAAAATTTGGTTG TAACTGTGGTTTGGAAATTTTTTCCATTTTCCTTATTTCGGTATGGAAAAAATTTGGTTGAGGGGGTA CGGACGCGTGGGCGGACGCGTGGGCGGACGCGTGGGTTAATATGTTTATTTTTTTCTGTAAGAAAGATTTTTTTTTTTATTAATTTTTTTTGAAAAAATTTTTTTAATTATAGTAAATGGTACTGTGAAGGATTTAATTTTTTAGAGAGAAAGCATAGTTGATTTTTAGTACCTTTAGTATCAGGGTTTATTAAGTTGGGGTCAAATAATTGGTTGTCTCGAATTTAAAAGAGCTAAAATAATATATTTATTACTGTGGAAAAAGTATTTATAATATTATTATAGTAATGAAACGTTAGTCGTTTTTAAATATATCTAGTTTTCTGAGAAATAAATTTAATTTATTTATTTTTTATTATAATTATAATTTTTTATTTTATGATTAAAATAGAATATTTTTATAGGGATAAGCTTATAAAAGGATTTTCATAATTAAGTTGTCACTGATTAATTTATAGGATTAGAATTTTTCATTATTTTTAGTATGTTATAGTTAATTAATCTAGTAGTGTGATTTTAAGTTTATTTGAATTTTTTATCAGAATTTCTTAAATAATGAAGAATTATGAGTAATAATGATAAAATTAGTATAATTTTTTGTAAAATTAATTTTTATTTGCTAGGTAAGTTTAAGGAACTCGGCAATTGAATTTTCACCTGTTTATTAAAAACATGGCTTTTTGATTATAATTTTAGGGTCGGACCTGCCCCATGAGGATTTTAATGGCCGCAGTATTTTGACTGTGCAACGGGAGCATAATCATTATTTTCTTAATTAAAAGCTGGAATGAATGGTTTAATGGAAAATTTAAATGTCCTTTGAATAAACGGAATTAATAATTTGGAATTTTTAAGGGGAAAAATGCGTTAAATTTTTTTTAATAAAGAACGAAGAAAAACCCTAATATAAGTTTTAATTTTTCTAAAGTATTTAACTGTGGTTTGGAAATTTTTTCCATTTTCCTTATTTCGGTATGGAAAAAATTTGGTTGAGGGGGTAGAGAAAAATTGGAAAATAGGTGTTATATGTTGTTTATTAACTTAGTTAGAAAGAGATAGGGGAGGCCTCGGANNNTTNTNGGGTTAATTAATATATAATTTATATTTTTAGGTATAATTAATGATTGTTATTATTTGTTGAAATTATTTTATTATTATTGTTATATATAAGTTTTGATTGATAGTAATATGAAGGGAGAAAATATATTTATTTATGTTTTNATGGATGAGAAGAATAATNTTTGATAAGATTTGTAGGAAATATAGGCGNTGAANNNNTNNTGATTAAAGATTATAAAAAAGAATATTNGTGATAATTAAATATTAATAGTATGGTGTGATGATAGTNTATTNAGTGGATGTTTTTNTGTATATGTTATGAGTATGTATGTATTAGTATNTTAGTGTAATGATGTTATTTGAATATAATTTATATTAGG 4 2 5' arm Tribolium_castaneum mirnest 100 100 -14.6 ..............(((((((((((((...((.......)).)))))))))))))............. (-14.6)