mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGCCAGGCACAGTGGCTC GCCACTGCACCCGGCCAAAAG ATAGGTAAACTTGAGGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTATAATCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGTGTGAGCCACTGCACCCGGCCAAAAGTTTAAGAT CCGTTTAAAGTGAGCTGACATCTGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAACAAACAAAAAACAACAGTATGACTGAGTGAATGAAGATAAGTTGGATTCTTTCAGAGCATTCTTTTCCTCAAAACAAGCTGCATAGTTCTAGGAACTTATGTCTTACCACATGGTGAAGGGATGGGGGAACTACAGGATGCAATTCTTCTTCTACCACTGGGCAATAGAGGTTGAGAGAGATTCAGCATATTTCTGGGATTAGAATTCAAGTCTCTTTACTCCTACAGCAGCTATGTCTCCAATGTTGAGACTTCTCAGATGGCACAGACTCCATGGATAATAGGTAAACTTGAGGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTATAATCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGTGTGAGCCACTGCACCCGGCCAAAAGTTTAAGATTTAAACTTTTGTAAATCTTAACTATTGTGTTCTGCTTAAAGTGAGGTACACATAAAGTTTCCTGTGCTTTGTTTTTGTAGCAAGAACTACCTAGTTTGTATCTGTACCTTACTGAGTCTATGAGATTTGAGAATTTGATTTCACTTTTTGTAACAACAAAACCCACAGAAAAGGACGTTAAAAGCAGATAGGACCAAGGACTGAATGACTTCTGACAAAAAGCGTTTGGTCTACCCTTCACTTGTTGAGCTACAACCATTCATTACACTTCTCAGCTGAGCTCTCAACAAGCTCTATGCCCTGTGAAAAGCAGTGACTAAGTTGGATGAACACATAACATTGTTAATTTTGCACTGGGAAAAACAAATTAAGACAGGGCCCCAGAACACTATATAAAAAACTTTGGAAGTTTTTTTGGTGTGAAATATTTAAATTAAAATTTGCAAAAATCCAAATTA 5 0 5' arm Macaca_mulatta mirnest Metazoa_SRP 1.0E-12 hsa-mir-3159 1.0E-6 -52.2 .....(((((((..((((.((..(((((((((((((((.((((((((......))))))))..)))))))))))))))..)).))))..))))))).... (-52.2)