mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAATA TTTTAGGACGGAGAAAGTATA TGACAGCAAGGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACCTTAATATAACTTTGTATTAAAGCTGATAAAAAATTAAGACACTTATTTTAGGACGGAGAAAGTATATGTGAACG GGAGACCCTCAGGCTGTATCCTCCAGCTCTCTTCATCAACAGGACAGACACTAGGGACGTGAAGCTGGGCAAACTCGACATCCCTGCCGGCACGCAGCTCAATCTGCCTATTATTGACCTGCACCATGATGTCGACATATGGGGAGCTAATGCGGAGGAGTTTGATCCGTCGAGGTTTGCAGATGGCAAGAGCCATCACCTTGGTGCATACTTCCCCTTTGGGATTGGCCCTGCCATCTGTGTTGGGCAGAATCTCGCGATTGTTGAGGCAAAGATGGCGCTTGCAATGCTCCTCCAGCGGTTTGCGTTTGATGTCTCGCCGTCCTATGTTCATGCGCCCATGATGGCGATGACCCTCCATCCCCAGTATGGTGCTCAACTTCTTGTCCACAAGATCTGAGCCTTGTGTGGTGCCTGACTTATATGGAATTAGGAGGCGTGACAGCAAGGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACCTTAATATAACTTTGTATTAAAGCTGATAAAAAATTAAGACACTTATTTTAGGACGGAGAAAGTATATGTGAACGCGATGTCTCCGTGTCTCCTGCATCCGTGTGGATTTTGAGCGATTTGTAATAAGAGGTTGCTAACTTGTCTGAAGT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-19 osa-MIR812k 0.0004 -34.8 .....(((..(((((..((((((((.(((((((((((((...........(((.(((.(((((....))))).))).)))))))))))))))).))))))))..))))).)))..... (-34.8)