mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGGGCGGTGGGGGGCGCCC GCCGCCCCTTGCCCCCTCTAAA ACATAAAATTGAAAATTTTGGGGGCCGCCCCTTGCCCCCTCTAAAAAATCTTTTTCAAAAAACCCTTTTTTTTTGGGGGCGGTGGGGGGCGCCCANGGTGGGTTAAGGTGGAAT GGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTGAAGACAGCAATAACCACAGTACATATTACTGTAGTTCTCTGTAGTTTTACATACATTCATACCATAACTCTGTTCTCTCCTCTTTTTTGGTTTCAACTTTAAAAACAAAAATAAATGATGATAATCTTTACTGGTGAAAAGGATGGAAAAATAAATCAACAAATACAACCAGTTTGTGAGAAAGAAAAAAAAAAAAGCAGAAAAAAAAAAAAAACGAAAAAAACCATCTGAATGCGGAAGAGCTTAAGCTCGGCTCCTGTTTAGCATTTTGTACTTAAGGAAATAAAACACCAACAAAGGATCTCACATTTTCTTAAAAAGTGAAGATTGCTGTATACTATTTATTCAACGTATAATTTATGTTACTCCTTGATCTTTGTCTTTTGTCATGACAAAGCATTTATTTAATAAAGTTATGCATTCCCAAAAAACACTATTATCCAACACACTCAAGACAGAATAACTTTTCCTCCTAGAAACCACATCCCTCAAATATAACCAACATAGCTCCCCATTATACGACAAAACTCAAAAAAACTACATAAAATTGAAAATTTTGGGGGCCGCCCCTTGCCCCCTCTAAAAAATCTTTTTCAAAAAACCCTTTTTTTTTGGGGGCGGTGGGGGGCGCCCANGGTGGGTTAAGGTGGAATCACCGGGGGCCAAAATAAATTGTTTTCTTCCACAAAAAGAAAAATACCTTGGGATCTATATTAAACACAAATTGCACGCCGCGGGAAGGCTTTCCA 1 1 3' arm Macaca_mulatta mirnest 100 100 -40.2 .(((....((((..(((.((((.(((.((((.(((((((...((((((...((((...))))....))))))..)))))))..))))))).)))).)))...)))).))).... (-40.2)