mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAGGCTGAGGCAGGAGGATC TCCGCCTGCCTCGGCCTCCCA CTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAATGCTGAGATTACACGTGTGAGCTACCGCGCCAGGCCAAAAATGATGATGATTTTTAAAAAAACTAGGCCAGGTGCGGTGCCTGACACCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGAC GGGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGCTCTGTGGCACAGTCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTGGCTGGGACTGCAGGCGCCCGCCACCACACTGGGCTAATTTTTTTGTACTTTTTCTTTTTTGGCAGAGATGAGGTTTCACCGTGTTGGCTAGGATGATCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAATGCTGAGATTACACGTGTGAGCTACCGCGCCAGGCCAAAAATGATGATGATTTTTAAAAAAACTAGGCCAGGTGCGGTGCCTGACACCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGACCAGTGTTACCGGAAAGGAGTCCCAACCCAGACCCCAAGACAGGGTTCTTGGATCTTGTGCAAGAAAGAATTCAGGGCAAGTCCATAGAGTGAAGTGAAAGCAACTTTATTAAGAAAATAAAAGAATAAAAGAATGGCTACCCCATAGGCAGAGCAGGGGTATGTGCTGCGCAACTGAGTGTACTTATAGTTATTTCTTGACCATATGCTAAACAAGGGGTGGGATTATTCATGAATTTTCTGGGAAAAAGATGGGGATTTCCAGGAATTGAGCATTTCTTTCCCTTTTTAGACCATAAAGGGAAAACTTCGAAAAATTGCCCAGGGCATTTTGTAAACTGGCATGGGAACTGGTGGGGAATGTTCTTTAAGCAAAACCAATGCCATTAATAATAGCCCAATTT 1 0 3' arm Macaca_mulatta mirnest Metazoa_SRP 5e-17 mml-mir-619 0.0001 -83.6 .....((((((((((.(((((((((((((((((((.((.((.(((((...((((.((.(((((((((.((((((((((.......))))))..........)))).))))))))).)).))))...))))).)).)).))))))))))))))))))).)))))))..))).. (-83.6)