mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATGCTAATCGTGATAGGG CTACATGTTAGCATTAACA GCTGTATGCTGTTAATGCTAATCGTGATAGGGGTTTTTACCTCCAACTGACTCCTACATGTTAGCATTAACAGGGTATGA AACCAAGGAGACGCTCCTGGCACTGCAGATAACTGTCTGCATTTCAAGAACAACCTACCAGAGACCTTACCTGTCACCTTGGCTCTCCCACCCAATGGAGATGGCTCTAATGGTGGCACAAACCAGGAAGGGGAAATCTGTGGTTTAAATTCTTTATGCCTCATCCTCTGAGTGCTGAAGGCTTGCTGTAGGCTGTATGCTGTTAATGCTAATCGTGATAGGGGTTTTTACCTCCAACTGACTCCTACATGTTAGCATTAACAGGGTATGATGCCTGTTACTAGCATTCACATGGAACAAATTGCTGCCGTGGGAGGATGACAAAGAAGCATGAGTCACCCTGCTGGATAAACTTAGACTTCAGGCTTTATCATTTTTCAATCTGTTAATCATAATCTGATCACTGGGATGTTCAACCTTAAACTAAGTTTTAAAAGTAAGGTTATTTAAAAGATTTATCAGTAGTATCCTAAATGCAAACATTTTCATTTAAATATCAAGCCCACGTTTGTTTTTATCATTAACAGAAAATGTATTCCTGTCATTCTTAATTGCAGGTTTTGACTTGTTCAATATAATGTCCATAAATACCTTTGATTCAACTGTTAGAAATGTGGGCTAAACACAAATTTCTATAATATTTTTGTAGTTAAAAATTAGAAGGACTACTAACCTCCAGTTATATCATGGATTGTCTAGCAACATTTTTAAAAATATTTAGAAACTGGTACTTTCCCCCATGTAACGATTTGCTGTTTAAGCAACTTCAGTTTAAAAATTAATACTTTCATTTGACTCTTAAAGGGGAATTTGAAAGGCTATGAAAGCTGAATTTTTTACGTGAAAAATTTTTTAACAAGTACCAGGGTAAATAACATTCTGAAAGCTAGTGAAAAATGGTTTTCCTAACAAAATACAAAAAATTTAATTTAAAAACTTCCTATTTGAAAATAAAGCCCCAAATCTTAGGTTT 0 2 5' arm Macaca_mulatta mirnest mir-155 1.0E-21 mml-mir-155 3.0E-31 -29.9 ...((((.(((((((((((((.((((.((((((((.............))))))))))))))))))))))))).)))).. (-29.9)