mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTTGGGGGCAGATG GCCAGCTGGTTCGTTACCGCAGGGAAAATGAGGGACTTTTGGGGGCAGATGTGTTTCCATTCCACTATCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAGTATTCCTCGGGGGTC ACTGTTGGCCTACTGGCCATTTTGGGAACCTGCTCTGGGATTCCAGATCTGTGGTTTTCTGGGCACGTCTGTATGGGAGCTGCTGCACTGAGACCTATTTAGCCAGTTATTGAGAAGATGAGGTCCCTTTCGTGAGTCTGCACGGAGCCGCCGTACACCATGAAAGCGCTCACTTGTTTAAAGTTTACTCTAACTTTGTACATTTTTTTCCTTTTTAGTTTTGGCTCTTGGTGCTCTGAGCGCTACCACTTCCTGCCAGCTGGTTCGTTACCGCAGGGAAAATGAGGGACTTTTGGGGGCAGATGTGTTTCCATTCCACTATCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAGTATTCCTCGGGGGTCCCTGGGCCAGAAAGACATCAGCTCGGAGTTCCTCCAGCAACTCAAAGAAGAGAGAGAGCTGGTCCCCAAACTCTCCCGCTATAGCGCCTTCTGGGTCCCCGGTGGATGCCTCTTGTGCTGAGAACTGGTTATCGCTCTGAAAAACTGAAAGACGCCATGCGCAGACACTGGTTGCTAAACGTGCTTTTGCCCTCCAGGGGCAGACACTGAGATCCGGCCTGGGAAAGCCGTCCAGCTGTCAGCGTCAGCGTTTGCTCTGGGGGGTTGGTTGTCGGGGGAGGTAGGGAAAGTGAAAAGAAACAAGTGTTACCTGTTTGACGAGGCCTGGTCCTTGCAGCCAGGGCCTCCGGGATCATCGCCTTGGCAGGGGGCCCTGAGCAGTCCTGGCTCTCCTGCTAGCTCCCCGAGACAGAACACTTTTCCCCGCTCGCTGCCTCAGTTTCCCCATACACCAAGGGAGGGGCAGCACCCCCTGCTG 2 2 3' arm Macaca_mulatta mirnest mir-365 4e-44 cfa-mir-365-1 4e-44 -40.9 (((..((((.....(((.((((((..((((((((..(((((((((((.(((.((.........))...)))..))))))))))).))))))))..)))))).)))....)))).))). (-40.9)