mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAACCACAATTGCTTTTGC AAAAGTAATTGCAAGTTTTGCC TTATATATTTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGCAAGTTTTGCCATTGGAAGGAATGGCAAAACCACAATTGCTTTTGCACCAACCTAATAATTTG TTGGGTTGTTTATATGTTGGTAACATCCTTTCTACTGAAAAATGACCACACCAAACCTCTCTTACTAGAACAGTCAAGTGAAGAAAAACGAATGCTCAAGTTTTTCAGAAAGCATTACATTTCCAAATGAATGACCTTGTTGCATGATGTATTTTTGTACCCTTCCTACAGATAGTCAAACCATAGACTTCATGGCCATGGGTGATGTTGGTGAAAATTACTCTGTAGCATATAAGCTACCCATATACTTGGTGCTTTACCTCTAACCCTTCCAACAGTGCTGTGAGGTTGGTATTATTGAATTTTTTAGATGAGAAAATAGGAACTCAGAGAGGTTATATATTTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGCAAGTTTTGCCATTGGAAGGAATGGCAAAACCACAATTGCTTTTGCACCAACCTAATAATTTGCTGTAAGTCCTACATTTAGTATCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGTTCACCACAACATCTGCCTCCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGAATACAGGCATGTGCCACTATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTTGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCACAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTGCTGCACCTGGCCATGATGATATTTATTAAACACCATTATTCACATTTAAAATAATAACAATACTTTTTGTTTTTCAAAAATAAAAATGCAATGTTATATAAAAGCTATAAAACTGAATTCTTAATGATATTTGAGCAACAACACCTCAAGAATATAACATGTAAGGGAAATGTTAATTTAAATTTTCCCCTAAACTTACTAATCCATAACCAAAGCTAAAAAATTTGTATTCTTCCGTTAAAAAAAAACTTTTACCCATTTAATTTGTCTTTAAGGA 2 1 3' arm Macaca_mulatta mirnest mir-548 4e-16 hsa-mir-548a-3 5e-18 -41 ........(((.(((((((((((((((((((...(((((((((((......)))))))))))..))))))))))))))))))).)))....... (-41)