mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAAGCTGTTAGATGAGGTCC TCTTCATCAACAGCTTTAGGA GAACCATTTCAACCTAAAATCTTAAGCTGTTAGATGAGGTCCCATGATATGATTTATATTATTCTCTAACACTGAATTTCAGAAATTAAAACCGGAGCCAAATTATCAAATGGCATAGCAGAATCCCATTTTCATTCATAGCTATGTTGCTAGTAAATTTTAACTACTACCACTACTATAAGCTAAGCATTCTGGTGGATTCTTCTTTTTTTTTTAGTTCCACATAAGCACTATGGTGACAGAAACGCCTTGTAGTCTAAATCTATGAAGCACAAGCAGGCACAAGGCATGAAAACAATCCGGGGCATTTCTTCCGCTTGGCAGAGCGGAGGAGCTCTGGTGGGATTTTGTAGAGATCTTCATCAACAGCTTTAGGAGGCTTAAGAGGAACTTT TTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCTTGGTCTTCAAAGCTATAATATCATGTCATAGAACCATTTCAACCTAAAATCTTAAGCTGTTAGATGAGGTCCCATGATATGATTTATATTATTCTCTAACACTGAATTTCAGAAATTAAAACCGGAGCCAAATTATCAAATGGCATAGCAGAATCCCATTTTCATTCATAGCTATGTTGCTAGTAAATTTTAACTACTACCACTACTATAAGCTAAGCATTCTGGTGGATTCTTCTTTTTTTTTTAGTTCCACATAAGCACTATGGTGACAGAAACGCCTTGTAGTCTAAATCTATGAAGCACAAGCAGGCACAAGGCATGAAAACAATCCGGGGCATTTCTTCCGCTTGGCAGAGCGGAGGAGCTCTGGTGGGATTTTGTAGAGATCTTCATCAACAGCTTTAGGAGGCTTAAGAGGAACTTTAGGACAAATTACAGCGTCTATTTTATGACAATGTAGCATTGTGGGTTGTTGTTTCCTTGCCGGTTCAGTCACGTCACAGACTTTGCCCTGCTTTCTCTGCTCTTTTGAATGCGGGCCTCGCTGTTCTCTCATTCTTGTCTTTCTGGGAGGAACATGATAACGAGAAGGCTTGTTGAAATCAGAAGCATGTAGATCACTACGCATGTACCGATGACCGCATTCTCCAGAGGAATTAGTACTGTGTCGAATCAATCCTGCCTGTCTTGCAGACTCAAAATACAGTGTGAATGGAAGGTCATTTGCCTGGTCCCAGTTTCCGAATGCTGGTATTTGTCCACTTCTTCTCCATTCATCCATTTTGGTCGATTATGGCAGTATAACGCAAGAAGCCAGAGAAGAGACTGAAACAAAAAGGTGCTATAAAGGATAGAGAAAAAGATAGGAGCTTGAGAAGGGAAGGACATAAAGGTTAAAAAAAGGATAT 3 2 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest 100 ptc-MIR481b 0.000000000000001 -93.4 (((....)))..(((....((((((((((((.(((((((....((((((((...))))))))(((((....((((...))))...((.......))((((..........))))...((((((((((((((((((((.(((((..((((.(((((.........))))).))..))....))))).((......(((((..((............)).)))))....))....((....)))))..(((((((.((((...................))))))))))).))))))....(((((((...((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))........)))...... (-93.4)