mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAAAGCTGTGGGAGAACAT GCTTTTCCACAGCTTTCTTGA GTTTAATCTCGCAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTGCCTTGCTTAATCTGTGTATATATAGATCACTACATGTACAGCTCCTATATATATAAATATATGTATGTATAGCGCCATGGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAACATGGCAATTCAGGATTTTTTTGGGCTCTTTT GTTTAATCTCGCAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTGCCTTGCTTAATCTGTGTATATATAGATCACTACATGTACAGCTCCTATATATATAAATATATGTATGTATAGCGCCATGGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAACATGGCAATTCAGGATTTTTTTGGGCTCTTTTCTTGCTGTTACGGTCAAGACCTCTCCTTTCCTTCATGGAATGCATACAAAAACCTTTCATCTTCTTCCTCCCTGTATGGATCGTGGATGAGCTCGTGCTTTGAAAGAAGAAGNACAACTACACCACAAATTAAAGCTAGCTNNNNNNGTGTTTATGGNNNNTCATAATTGNAGTNGGGGAAAAGANNTATANGATAAAAATAATGAAGCTTTG 1 0 3' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest MIR396 4e-39 ptc-MIR396e 2e-40 -59.6 .......((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((..((...((........(((((((.(((....))).)))))))))..(((((((((((......))))))))))).))...))))).))))))))))))))))))).))))))....))))))))...))))....... (-59.6)