mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTATG TACTCCCTCCGTATCAAAATA GATAATAGTTTTGTACTCCCTCCGTATCAAAATAAGTGTCGCTGATCCTAGTATAAAATTTGTACTAATTTAGTCATCACTTTGTGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGCCGAACTTCT GCCAATGTATCTCCTGTGACAGAGGATGAGATCAGGACTGTTCTTCTTGCAGTGGCTCCTGTCACCACACAAGATTTAGTGTCCAGATTTAAGTCTAGACTACGAGGTCCAGAGGACAAGAATGCCTTCGCTGAAATTCTGAAGAAAATTTCAAAGATACAGAAGACAAACGGCCACAACTATGTCGTCCTTACAGAGGATAAGAAATGATGGGCTCTAAAGTGGTGATTTTCTTCATTGCGAAGTCTCCTCATGTCTTTCTCTGGAGATAATAGTTTTGTACTCCCTCCGTATCAAAATAAGTGTCGCTGATCCTAGTATAAAATTTGTACTAATTTAGTCATCACTTTGTGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGCCGAACTTCTAC 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-40 osa-MIR1862d 0.00002 -43.5 ......((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((((..((((((((...)))))))).....)))).......)))))))))))))))).)).)))))))))))..)))))... (-43.5)