mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACGGAGGCATTGACGGAGG TCCGTTAACTCCCCGTCGTC CATGTAATAATCCGAAGACGGTGACGGAGGCATTGACGGAGGTGGCGCCCTTAAATCTTTAAAATACTCCCTTATATCCACCCCAGCTGCCGTTGCCCTCTCCGTTAACTCCCCGTCGTCTCTCGACGGAATAAACGG TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGACCCATTTAGATATCCTATAATTTTTCCACTCATAATCCTTAAAATTTTTATAATAATCTATATATATATATATTTATAGCTTGTAACAGCTAATCTTCATCTTCACTACGACTAGTGTTTTTCAATTTCTAACCCATTTATTTTATGTACATAAAAAAGAAAATGAACTGTGCTAAATCTTTCACGTGCCACCTGCCACACGTGTGGGTCAGAATTCTGACAATTTCATGTAATAATCCGAAGACGGTGACGGAGGCATTGACGGAGGTGGCGCCCTTAAATCTTTAAAATACTCCCTTATATCCACCCCAGCTGCCGTTGCCCTCTCCGTTAACTCCCCGTCGTCTCTCGACGGAATAAACGGCGGTCTTAGGACTTCCGTTAATAGGTCCCACCTTACACCCTTAAAAAACACATGCTCCTTAATCTCACAAGCTCCACGTTGATACCCCAACCTTTGTGTGGGGTCCTTCTCTAACAGCCGTTCAATCAAGTCTGTTAACTCGTTTCGTTTCCCGATAAACTCCGGCTTCTTGGCCAATACGTTTCGAAACGTTTCCTTCCGGTTCTTCCCTACAAAAGGCGTCGTCCCGTATAACATCTCGAAGCTCAAAATTCCAAGAGCCCACCAATCAACAGCGAACTCGTGCCCATCTCCTCTTACAACCTCCGGCGAGACATATTCCTCTGTGCCCACGAACGAGTTGGACCGTTCTCCATTGTTGAAGCTTAGTTTTCT 2 1 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest 100 100 -35.139 .......((.((((..((.((((((((.((..((((((((((.((((..............................................)))).))))))))))..)))))))).)).))..)))).))..... (-35.139)