mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA TTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGA GGGATTTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAGAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGACGCCGCCGCCGAAGCAGAGGCAGCAGCGTTAGATCTCTATAGCGTGCTCTTTATATCTCAATCAGATCTCAGGTCTTCTCATATTTTTACTACAAGAAAAGGAGAATTTTATTTTGATTTGATTACTTATAATAGATCTTGGCCCTCTTGTGGTTGAATCGAATACACTGTAGTTGTTCTTTGTTAGATCTTGGCTTCTTAGCTTCTTTTTTTTTAATTTAATATACGATTTTAGGTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest MIR168 3e-83 ptc-MIR168b 3e-73 -67 ......((((((.((((((((.(((((.((((((((((.(((((.(((((((.....(((..(((((..((((((((......))))))))..))))).......)))......))))))).))))).)))))))))).))))).))))))))))))))...... (-67)