mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCTAATCAGGGCACTGCAAT TGCAGTGCCTTGATTTGGGCT GTCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTAATCAGGGCACTGCAATTCTAAATGTCTGTTGGCAAGTGGCGATGCCAGACGTTTGAAATTTACATCATTTATTAGTCAGAATTGCAGTGCCTTGATTTGGGCTTTGTTTGTTCCTGTAACC GAGAGTCTGAAAAACTCAGACAGTATGTGTTGTCATCAGCTTCTTCTCCCGCATAACCCACGAGATTGGAGTTAAATAACAGCACTACATCCGTTTCCTTTCCTTTTCTTAAAGGATATTGCTCTGCATTTATTGGTACAAAGAACAGTTTGTTCTACAGTTGAATGATTATTAATGGATTTATTATAAATTTTTCCAGTCAGTCAAATGTTTGGAATAATATAAAAACGAGCCTGCCAGGTTTGCAATTTCAAACTTTCTTAGTATGAATGTAAGATGATGGCAAGCTGGGAGTCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTAATCAGGGCACTGCAATTCTAAATGTCTGTTGGCAAGTGGCGATGCCAGACGTTTGAAATTTACATCATTTATTAGTCAGAATTGCAGTGCCTTGATTTGGGCTTTGTTTGTTCCTGTAACCGCCATGCTAGGGGAGGGAAATGCTGCTGCAAATGTGACCGCTGCTACTGTTAGGAATGAAGGAGATGCTGCAATCTTCGTGAGAGATCATAAAGTCGGCTATAGCTGAACTATTTTCTAGGAGATCCATCATATATGCTATTTTGTTGGGGAATCATTCAGCAGATACCAGGAAGTTCCCGGTGAAAGATCGAATAAATGGGCGATATCAGGCCGATGCCTCCCCTTCAATGTGCAAGATTGAAGTTCTGTATCAGCTTATTGATGTTGTTGAAGTAGCGGTTGAATTATCCATTTCCGTTTTTTCCATGGAAGTTGGGAGTTCAGGAAGCTCGCTCTCCCCTAATTGGGCCAAAGAGAGAAAGTTCTTTATTAGAGCAGTATCCCGGGCGCTTATGCTTATGTTATTAGCTATTTCTTCAGGGAGAATCTTATCATCTGATTGTGATCCCTATTTCCTTGTAGTGGTATATATACTGCCTATTTAAGAGAACTTATTTTGAATAAGATGGCAAGATTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest 100 ptc-MIR1447 8e-55 -58.7 ......((.(((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((........)))))))))))).......................)))))))))))))))))))).))))))).))))))).))..... (-58.7)