mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACGGGGAACAGGCAGAGCATG ACGTAAACAGGGNATCGTGGGGAGAGGGAGCAGAAAGAGACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACATGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCTTCTTTTTCTCCTCCCTTCTTTTGTTTCCATTTACTTT AAGGGGAAGCGTGTTCCAAAACTTTGTTGTAAGCTTTTTTTTCAAGGAGAAGGCTGAGGCTTTGAGAGGTTAATTTTGGTGGCAGTAGCTGACATGGTATGGAAGCACAATGAAAGGTGAAGGTACGTAAACAGGGNATCGTGGGGAGAGGGAGCAGAAAGAGACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACATGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCTTCTTTTTCTCCTCCCTTCTTTTGTTTCCATTTACTTTTTTTTTTTTTCTGTCACTTATTTTAAAACTGTGNNATAA 3 0 3' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest MIR408 1e-54 ptc-MIR408 3e-52 -72.3 ..(((((..(((...((.((((..((((((.(((((((((.(((..(((.(((((((.((((((.((((((.((((((((..((((........)))).)))))))).)))))).)))))).))))))).))).....)))))))))))).)))))))))).))..))).)))))... (-72.3)