mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAGTGCAGCGTTGATGA ACCAGCGCTGCATTCAATCA GCTTTCCTGGATTGGAGAAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAAATCCTACATTTTGTGTTATTAAATTGTTACCAACCCTTTATGGGGCATGGCATCATTTCACCAGCGCTGCATTCAATCATGTTTTTCTAACTCTTCCGGG GATTGCAATTGAAAGTGAGCTAGCTAGGGGAGGCTTTCCTGGATTGGAGAAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAAATCCTACATTTTGTGTTATTAAATTGTTACCAACCCTTTATGGGGCATGGCATCATTTCACCAGCGCTGCATTCAATCATGTTTTTCTAACTCTTCCGGGCATTGCGTGCATGTATCAAGGGGCTGTGAAGAAACTTTTGTTGGATTCTAAAGGAAAGTGCTGTTGTGGATCCTAATAGTGGGTGCGAAACAGGCATTTGCGTGGTCTGTTGAGCTCACTAATAGTGCGTGCGAAACAGGCAAGTGCGAAACTAAAATCTGGATTCTTGCAGGCTGCTGATGTTGCCAAACCTACGGAGCGATTGAGCAACAAACAACTAATCTTCCAGAATATAAATTATGCACTTGACCTATATCTGATATACGTGTTGACATTGTCAATTTTCCCAGGATTCGTATTTGAAAATACTTGTAAAACACAAGTTGGGCAACAAATGGTACCCTCTTGTTCTGATAGCAATGTACAATGTGTTGGATCTTATATCAAGATACATTCCCCTTGTGCCATGTTTGAAATTGGAGTCTAGGAACGGCCTCCTGGTTGCAGTACTCTCTCGTTTTCTACTCATTCCTGCATTCTGCTTCACTGCAAAATACGGTGATCAAGGATGGATGATCTTTCTCGTTTCTTTCTTGGGACTGACAAATGGCTATCTCATTGTCTGTGTTCTTACAATTGCACCAAGAGGTTACAAGGGGCCTGAAGCAAATGCGTTGGGGAATTTGCTTGTGCTGTTCTTATTAGGTGGCATATTTTCAGGGGTAGCCCTTGATTGGCTTTGGCTCATAGGCAAAAAGAAGGCCTTCTAGAGTGCTAAATCTGCCTGCAACTGAT 1 0 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest MIR397 2e-62 ptc-MIR397a 3e-54 -52.7 .....((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((...(((.((((......)))).)))..(((.((((....))))..)))....)))))).)))))))))))))))).))))))))))))....)))))) (-52.7)