mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGATGCAGCATCATCAAGAT CTTGATGATGCTCCACCCGCA AAGTCCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAAAGATTTAACTCTTAACATCACCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCATGCAC TTTTTTTTTGCAAGTCCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAAAGATTTAACTCTTAACATCACCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCATGCACAAGAACCCCTTTAGCCTTCAATTCCATGCCCCATCTTTTTACCTCCTCTATATGCAAACCAACAAACCCACGAGCAAGGAGCTGATGTGGCATGTTGCCATTGGTTAAGGCCAAAAGGGAATACGTGAAGGGGATGCCCGAGAAAGAATCCTACAACCTTGTTTAACTCAGAACTTTATAACAAGACAAAACCCGTTTTCAACATTAAAAATATAATAATATTTTTTTATATCAGATGAGAAGAAAGAAAGAAAAAAAAATCTAATAAATGGAATCAAGAACTAACGAGTTTCAGTACTTTGGTAAATCAAAGATTTTTAGTTAAGTGGATCAGATTTATTTATCCGGCGAGATTCTGACAAAAACACACTCCCTCTGGTTGTGTGTGGTGAGACTAACATATAGCAAGTACCACCTCATGTCAGATTCCGGCGAAGATCACATAAAAAGAAAGAGAACCCATTTGGTTTTTTCACTTCTTTTAGCTACATCAGCTCATCAAACCTTTATAAGAATATTATTTAAAAAAAAAAACTAGAATGAGAGGAAGAGTGCAAGCTTGGTTGA 4 0 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest mir-172 7e-75 ptc-MIR172b 1e-75 -48.3 ..........((((((.(((((((((..((((...((.((((((((((((((..((((...((((......((((.((((...(((..................)))...))))....))))....))))...)))))))))))))))))).))...))))..))))))))))))))).......... (-48.3)