mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATCTTGATGATGCTCCAC GCAGCATCATCAAGATTCTCACT TTTTTTTTTGCAAGTCCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAAAGATTTAACTCTTAACATCACCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCATGCACAAGAACCCCTTTAG TTTTTTTTTGCAAGTCCTTTTGTGTTGTATAGTCGTTTATTGCCGATGCAGCATCATCAAGATTCTCACTTCCAAAGAACTTTGGCAGATGAACAGAAACAAAGAAAGATTTAACTCTTAACATCACCGGCCGTGCATTTGCATGTGAATCTTGATGATGCTCCACCCGCAAACAACGATTGTCAATATTTCCATGCACAAGAACCCCTTTAGCCTTCAATTCCATGCCCCATCTTTTTACCTCCTCTATATGCAAACCAACAAACCCACGAGCAAGGAGCTGATGTGGCATGTTGCCATTGGTTAAGGCCAAAAGGGAATACGTGAAGGGGATGCCCGAGAAAGAATCCTACAACCTTGTTTAACTCAGAACTTTATAACAAGACAAAACCCGTTTTCAACATTAAAAATATAATAATATTTTTTTATATCAGATGAGAAGAAAGAAAGAAAAAAAAATCTAATAAATGGAATCAAGAACTAACGAGTTTCAGTACTTTGGTAAATCAAAGATTTTTAGTTAAGTGGATCAGATTTATTTATCCGGCGAGATTCTGACAAAAACACACTCCCTCTGGTTGTGTGTGGTGAGACTAACATATAGCAAGTACCACCTCATGTCAGATTCCGGCGAAGATCACATAAAAAGAAAGAGAACCCATTTGGTTTTTTCACTTCTTTTAGCTACATCAGCTCATCAAACCTTTATAAGAATATTATTTAAAAAAAAAAACTAGAATGAGAGGAAGAGTGCAAGCTTGGTTGA 2 2 3' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest mir-172 8e-75 ptc-MIR172b 2e-75 -52.9 ..(((((.((((.........((((((.(((((((((..((((...((.((((((((((((((..((((...((((......((((.((((...(((..................)))...))))....))))....))))...)))))))))))))))))).))...))))..))))))))))))))).....)))).)))))......... (-52.9)