mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCGATCCCTTAGGAAT TTCTTAGTGCAGCTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTCTCGATGTCTAAATCATATTAATGTTTAGTTTTTTCGTTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCATTCAGCTCT GATTTCCATGCGCTAGCAGCAGCGAAGAGCTCTTTTATCATTTAGAATCGACAACAAAATCCTGAGCTCTTCAACCGTTTCGAAATCAATATCCTTCTTAGTGCAGCTGGAGTGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGACTCTCGATGTCTAAATCATATTAATGTTTAGTTTTTTCGTTGGATCATGCGATCCCTTAGGAATTTTCCAGCATTCAGCTCTAAATTTCCACCATGTTTTCAAGGTAAGCCAACACAAGCTTTGTATGGACATGTTTGATCCCTTCTATATATGTTTTTACAGTTTAGTGGTTTTGATTTCTTTTAATGTTTGAATTCAGTGTTAAGTCTTTATCAATATATATAGTAGCAAAATTAACTCAGCTAACTGTTCCACAGTGAGTAGGTGATCTCTTAAAGGGCAGCAGTAATAGCTTGACCCTTTGAAGGAAATAGTAGAATAGAGATCCCCCCCCCCCCCTCTCTCTATGATCCATGTCTTGTTTGTTGACTGGTAAACGTGTTTGTCTATGATTTCTTGGCTGCTGTACTTCAAGTTTCATGATCATATATAGCTATTATCACTTGTTAATTAGGTCAGGTTGCATCCCCTGATCAAATAAAAGATGGGGTTATGAGTTATGATCCTTTTTGTTTAACCATATATGCAACTAGCTAGGACAGATATTAGATAAATTAATAAAATTAGTAGAATATTACAGTAATTAAGAGAGAGTTAACACTTGATTAATTCTCCTCTTTTCGCTCTTTCCTCAACTGGATTATACATATTTCATTAAAATTCTAGTACTAGTTCAGGGCTCATCATTTATAAGTTACTAAAAATATATTAAACTGGATTAAATCTCAGCTTTGGTTTTGGTTCAAACATTTTGTACTCATCTGCT 1 1 5' arm Populus_trichocarpa_x_Populus_deltoides mirnest 100 ptc-MIR393c 5e-56 -50.4 ...........(((((((.(((((.((((((((((((.((((((((((.....((...(((((.(((....)))))))).))..)))))))))))))))))))))).))))).))))))).......... (-50.4)