mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGTCAGAGGGAGTATC TACTCCCTCTGTACCAAAATA CATCTTTAATGCTACTCCCTCTGTACCAAAATATAAGATGTCTTTGCAGTTCAATTTTGGGTCAGAGGGAGTATCACTGAAATG TGAGAGCTTGTGATGGGAGCATGTCGTTGGATCTGTAGTGACCAGTATGGCGCAAATAATGTTGATTACACTCTCCTTGTATGCGTCATATTTGTGATCATCGAGGGTTAGATTTTGTGCATTTAGCAGGGAGCGTCAGACATGGTTAGAGGAAGCTCGGGGGCGGGGCGAGTTCTGCAGATACTATGGGACTTGGCTAGTTCCATGCCATGGAGTCAACACCTTATATCTGGATCAGTCCAGAGTTCTTGACATTTTAGGCCGTGGAACGTTTTTTTTATCCATGTCATCTTTAATGCTACTCCCTCTGTACCAAAATATAAGATGTCTTTGCAGTTCAATTTTGGGTCAGAGGGAGTATCACTGAAATGTTGTTCAAAATTAAGACTGATGAATTACACATCGAAGGCAACAGAGGTTCCATACTAGAATTTGATGAATTGTCATGGCATTTTAACATGCTACTTTTGCCATGTGATCTGATGATGGATCAACTTATTACTTTTGGCATGTTATCTGCTTGACCTGAAATGCATTCATGCATCCATAATTACCCTTTCCATCACAACTGGGGTTTTTTTTACATCCCTTATTTTAATAAAGGGACTGCATGTCAATCCACACAGTCTTGGATTTTGGGCCGTGAAAACTTGAACCCCAGGAAAGGN 3 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000004 100 -29.2 ....((((.((.(((((((((((..(((((((......(((....))).....)))))))..))))))))))).)).))))... (-29.2)