| mature miRNA: CAGAATTGCAGTGCCTTGATT species: Populus trichocarpa database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|52401642|gb|CV239205.1|CV239205 WS0231.B21_K14 PT-MB-A-13 Populus trichocarpa cDNA clone WS0231_K14 3', mRNA sequence CAGAATTGCAGTGCCTTGATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAAAAATTAATTTCTGTTCACTGACCATTTAATGTCCTAGTTTTGAATCTGCTATTCAAATTGAGTTTTAACTATACTCTTGTGCCCTCTGTAAATGGTTTTAGAGTCTGAAAAACTCAGACAGTGTGTGTTGTCATCAGCTTCTTCTCCCGCATAACCCACGAGATTGGAGTTAAATAACAGCACTACATCCGTTTCCTTTGTTTTTCTTAAAGGATATTGCTCTGCATTTATTGGTACAAAGAACATTTTGTTCAAAATGATTATTAATGGATTTATTATAAATTTTTCCAGTCAGTCTAATGTTTGGAATAATATAAAAACGAGCCTTATTACAGATTGTAGACTTGATAACCAGGATTGCAAATTCAAAATTTCTTAGTGTGAATGTAAGATGATGGCAAGCTGGGAGTCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTAATCAGGGCACTGCAATTCTAAATGTCTGTTGGCAAGTGGCGATGCCAGACGTTTGAAATTTACTTATCATTTGTAGACTTGATTAGCCCCTAACAGTCAGAATTGCAGTGCCTTGATTTGGGCTTTGTCTGTTCTTGTAACCGCCATGCTAGGGGAGGGAAATGCTGCTGCAAATGTGAGCGCTGCTACTGTTAGGAATGAAAGAGATGCTGCAATCTTCGTGAGATATCATCAAATATGCTATTTTGTTGGGGAATCATTCAGCAGATACTAGGAAGTTGCTTATGTTGTTAGCTTTTCCTTGTAGTGGTATTTATACTGCCTATTTAAGAGAACTTATTTTGAATAAGATGGCAAGTTTCAGATTTGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|38575574|gb|CK091249.1|CK091249 F066P02.3pR Populus flower cDNA library Populus trichocarpa cDNA clone F066P02 3', mRNA seque CAGAATTGCAGTGCCTTGATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGTGTTTCTGTTCATTGACCATTAATTCCTAGTTTGATCTGCTATCAAATGAGTTTAACTATACTCTGGGCCCTCTGAAATGGGTTAGAGTCTAAAAACTCAGACAGTGTGTGTGTCATCAGCTTCTTCTCCCGCATAACCCACGAGATTGGAGTTAAATAACAGCACTACATCCGTTTCCTTTGTTTTCTTAAAGGATATTGCTCTGCATTTATTGGTACAAAGAACATTTTGTTCTAAATGATTATTAATGGATTTATTATAAATTTTTCCAGTCAGTCTAATGTTTGGAATAATATAAAAACGAGCCTTATTACAGATTGTAGACTTGATAACCAGGATTGCAAATTCAAAATTTCTTAGTATGAATGTAAGATGATGGCAAGCTGGGAGTCTCTCGTGAACGAAGGAGGCCCTATTCAGGGCACTGCAATTCTAAATGTCTGTTGGCAAGTGGCGATGCCAGACGTTTGAAATTTACTTATCATTTATTAGTCAGAATTGCAGTGCCTTGATTTGGGCTTTGTCTGTTCCTGTAACCGCCATGCTAGGGGAGGGAAATGCTGCTGCAAATGTGAGCGCTGCTACTGTTAGGAATGAAAGAGATGCTGCAATCTTCGTGAGAGATCATCAAATATGCTATTTTGTTGGGGAATCATTCAGCAGATACTAGGAAGTTGCTTATGTTAGCTTTTTCTTCAGGGAGAATCTTATCATCTGATTGTGATACCTATTTCCTTGTAGTGGTATATATACTGCCTATTTAAGAGACTTATTTTGAATAAGATGGCAAGTTTCAGATTTGTGTTATTGCCATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||