| mature miRNA: CCCAAGAGCCTTGGATGTGGCT species: Populus trichocarpa database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|52500267|gb|CV247292.1|CV247292 WS01117.B21_L02 PT-P-FL-A-2 Populus trichocarpa cDNA clone WS01117_L02 3', mRNA sequence CCCAAGAGCCTTGGATGTGGCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TTTTAATTAAATTAATTCCCCCCCCCCCGGAAGGAGCTGTTGAAGATTTGAAATCAGCAGCTGAAAAATCACCTCAGGATATGAGTATCCGGGAAGCATTGAAGAAGGCAGAGAAGGCTTTGAAGAAGAGTAAGCGCCGGGATTGGTCCAAGATATTAGGAATTTCAAAGACTGCATCCGTTTTTGAAATCAAACGGGCACATAAAAAACTTGTTTTCCAGTGGCATCCGGATAAGAATGTTGATAATAGAGAAGAAGCAGAGGCCAAGTTTCGAGATATTGCAGCCGCATATGAGGTTTTTGGGGACGATGATAAGCGTGCAAGATATGATAGAGGGGAAGACCTGGAAGACATGGGGAGGGGGGGGGGGGGCGGTGGCAACCCCTTTGGCGGTGGTGGACAGCAATTTTCTTTTCATTTTGAGGGGGGCTTTTTTGGTGGGGGATTTGGCGGGGGTTTTTTTGGGGGGTTTCAATTCCCTTTTTGGCATCGGGGAAAAGAAGGGATTATTTTTTTCTTTTGCAAATACAGGGGGTTTTGTTTTCTCTGTCCTAACCAATTTGGGTAATTTTAACAGGTACCTTTTAGGGAATTAAATGAGGGTTGTTGCCCGATCAAAGTATTTTTTGATAAAATTTTGCTTCCCGAATTTTCCAAATTTTGGAACCTGTTTTGGGTGATTCAAGGGGGGTTTTGAGCTTGATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|52375732|gb|CV226389.1|CV226389 WS0164.B21_C04 PT-DX-A-7 Populus trichocarpa cDNA clone WS0164_C04 3', mRNA sequence CCCAAGAGCCTTGGATGTGGCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATTTCTTTCTATTTAGCTATTAAACTTTCATGACACATATCTCATGTTTCACGGGTTAACCTGTCAAATTTTTTTAATAAATTTTTTATTTAATTTAATTTGTTAATGTTAAATTTTTTTATTTAGTTATCAAATTTTCATGACACGGAACTCGGGTTTAACGGGTTAATCTGGTTTGACGAGTTAACCTGAATTTTTTTTGTTGCTTTTTTCTTTTTAATTAATTTTTTTCGTTTAATTTATTTTGTTAATTTTAAATCTCTTTCTATTTAATTATCAGAATTTCATGACACATATCTCCGGTTTGACAGGTTAACCTGATTTCACGGGTTAGCCCAATTAATTCTGAGTTAGCCCGTTAATGTTTTTTTCCATGTAGTTATCAAATTTTTATGACGTGAATCCTAGGTTTGACGAGTTAACCTGGTTTGAAGGGTTAACTTAGTTAATTCAGATTTTTTTTTCTTTTTCTTCATTAGTTTTTTTCTTCCTGTTGGTTTTTTTTCTTTGTTTTTTTCTTTTTAGTTAATCTATTTGATTATCACACTTTTATGACACGACCTTGAAACCAGACCCACATACAAGGCTATTGGGTCTGGTGTTGCAGTCAGACTTCCTTAAACTTGATTCATGTAAATTTAATATTATTATTAATATTATAAATATTATCCTTGGGTCAAGTGTTGCAGCTAGACCCAAGATTTTTGGGTATATCTTTGCAGAAAAACTTAACACTCTTAGATCTTAGCCTTTTTTGATATTTATTATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||