| mature miRNA: CTTGGTCCCAAGCTCTTACCACTG species: Populus trichocarpa database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|52496226|gb|CV243251.1|CV243251 WS02518.B21_F08 PT-MB-N-A-15 Populus trichocarpa cDNA clone WS02518_F08 3', mRNA sequence CTTGGTCCCAAGCTCTTACCACTG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACTGTTAAGTGGATTTATTTAATGTGACGTTAAAAATGCTATATAATCTCTTTATGATTTTCTTAATTGCTATGTTTTTTATTACTTTAGAAAAGAAAAAAAAAAGTATTTTTTAAATTATAAATAAAATTTATTATGAACGCACTTATCACACAATAAACATTATTTTTCTGTGTCATAAACTTGATAGCACTAATTATAATGACTTTAAGTAACTACGTTAAGTCCCAAAAATAATATTTTAATTCCTCTTCAATAAAAATGTCTAATATACAGGATGTTGTATTATATGATAATTATAATGGTTACCATTTCCTTTTTTTTGTTATTCCGTGTTTGGTCCCTTTTTCCGAGCCCAAAAACAAAAACAAAAACAGTAAGGTTTGCTTTTGGTTTTTGTTTTGCCGCTTAATTCCTCTGGCGGTTTGAAGAAGAAAAAAAGCGTCTTTTTCTAATAATATAGAGAGAGAAAGAAAATCATCTAGGTGGTGGTCCAGTGATAAGAATTTGGGACCAAGAAGTTTGCTCCTTTTGTGGTCTCAGGTTCGAGCCCTATGGTTGCTCATATGATGGCCACTGGAGGCTTACATGGTCGCTAACTTCAGGGCCCGTGGGATTAGTCGAGGTGCGCGCAAGCTGGCCCGGATACCCACGTTAAACTAAAAAAAAAAGAGAAAGAAAGAGAAAATTAAAGAATATGTAGATGCATTGATAAAACTAGCTGGATGGCTCTCGGGCGCTAGGTCAATTATTTTTACAGTGTAAGGAGCGTGACATCAATGTTTTCAAGTAAGTAAGGAAAATATAAGATAAGAAAAATCTAAGATTAAGATAATAAAAAAAACTGCCTATGCTGTTAGAAGAAAAACAAACTAAAAAATAATATAAAACAAGTATTTCATGCTGATATTTAATCAATTAATTTAATCTAATTTAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|73873423|gb|DT476161.1|DT476161 WS01228.B21_I21 PT-GT-FL-A-3 Populus trichocarpa cDNA clone WS01228_I21 3', mRNA sequence CTTGGTCCCAAGCTCTTACCACTG EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGATGCCACATTATCTGGAGAATTGAGGAAGTGAAGGGGAAAGTGAAGAAAGAAGAAGAGCCAGATGGGATCGTCACCAGAGGACCAGGGATCGTATGGAACAAGCAGTTGCTGATATGAACCAGCGTGACCTTCAAACTTTGCATGAGCAAGAGGAGAGGCGTAGGATAGCTGACAAAATGGATGTTCAGATAAAGCACTGGGCTGCAGGGAAGGAAGGCAATTTGCGTGCACTGCTATCATCATTGCAACATGTGAGTTTCACAACAGCCTTTTTAATTTGTAAATCTTTTTGCTTAACTTTTAGCACTTTACTAGGCAAGAAAGTATTGCATCTATTCTCTTATATTTGTTACTTTTTATATCTGAATTGCTTGTTAGTCTCTGACCAAACTGTGGTCTTGCATCTTAGAAGTGAGAATTTGGAACCAGTCTTCGAAGCGAGCTTCTGGATTGACGATCACAACTGCTGTTTCTGGCTCTGAATGAATGCCGTGAAACATTAATATGTTGATATGCTCCATTAAAATAGTCTTGTGCCTTGCTACAACTTTTTATTTGTTTTGCTTCTGAAAGTGTTGGGTTATCTGTATTTATGATGGTGAAGTTAAAATTATTGTTGTAGTTTTGATGTGATGATAGTGTCTCCACACTCCATGCATGCCTATTTTTGCGGTACCTTTAGAGGCACTGCTCTAATGGTGTAAAGTCCATGCTTTTTCACCACCAACCATACTATCAAGAAAACATTTTGAGGAACCATCTAGGTGATGGCCCAGTGATAAAAGCTTGGGACCAAGAGGTTTGCTTCCTCTGTGATCTCAGGTTCGAGCCCTATGGTTGCTCATATGATGGCCGCTGGAGGCTTACATGGTCGTTAACTTCAGGGCCCGTGGGATTAGTCGAGGTGCGCGCAAACTGGCCCGGACACCCACGTTAAACAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||