| mature miRNA: GAGTTAACCCGGGTTGACCCAT species: Populus trichocarpa database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|73872272|gb|DT475010.1|DT475010 WS0125.BR_L09 PT-GT-FL-A-3 Populus trichocarpa cDNA clone WS0125_L09 5', mRNA sequence GAGTTAACCCGGGTTGACCCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GATCTCTTTGGCATCCAGATCATGAGTTCTACTTCCAAAAATTCAAGCAGAGGGGCCAGGCACTCTCGACCACAGCCTCTAAAGCTTTTTTTGAAGGAATTTAGATCATGGTTCTACAAGTCTGATTCAAGTGGCGTTCAGGGACTTGGTGGAAGGTGAGAATATGGTTTTTTTTTCCTCCTATTTGAAGCTTCTATGTGCATGCTTTTTTTTGCAGTGGTTGAAACATTGTTTACTAATCAGTTTATTTTTGGTATATGATCTGCACATAGAAAATGGAAAAAGGTCCTTTATTCTATTTTATGTCAATAGATCAGCCAGCCATCCAAGGGCGATGCGAAAATTTATTATTAAGGTGATAAAAAGACAAGATTGATCTATTGAATAAAATCACATACTTTTTTAGGTGAATCGAGATCGCCAATATGTTGAGGTGTGAAGAGGATAATGCTTAACGGATTAACCCGAGTTAACTCGGGTTGTTTTTTTATTTTATTTAATTAATATTTTTTTAATTTCATCATTTAACATTGAATCGGTTGAGAATTGAGTTTTATAATCTATTTTAATTTATTTTTAATGAAAATATCTTGATCTTGAGGTCAAGTTTACGAGTTTTGACATTTTAATTTTTGTTAAATCAAGTTATTTTTTTATTTTTTTCTAAAAA | |||||||||
gi|73881138|gb|DT483876.1|DT483876 WS02523.B21_N02 PT-MB-N-A-15 Populus trichocarpa cDNA clone WS02523_N02 3', mRNA sequence GAGTTAACCCGGGTTGACCCAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCAAACATGAAATTTGTTGTGGTCGGTTTCATTCTCCATTAACAAATTCACATTGAGCACCGACTGTGAAGGCATTTCCTCCATGTTGCCCGTATTATTAGTTTTTGATCTTTTTGTTGATTGTGAGTTTTTGATCGTCTTATTGATTGATTAGCTTTGCAATGGTGAACATATAGGAAATGAATCGAGTGAGCTTTAGTTTTTTCTTCTTCTTATGTTTAATGATTTATTGTGATTTTTAAGGAATCTTTTGGATTTGTTGGAAGCTAATACCATTCTATTTTTGTTCCACTGCTTAAATTTTAGTTACACTGGGTAGGAAAATGTAAGCAATTCATCACTGGGTTTTGCGGTTTAGGGATGATGTAGCAGTTTGATTTCTTTAATCTTTATATTTAAGGAGAGGGGTTGACCCGGGTTAACACGGGTTGACCCACAAAACCCGTGACCCGGTCATTTTTCGGGTCAACTACCGGGTTGGGTTTTATAACTATGACCCCTACACGCCCTATTGCACGTGCCATTGACCCTTGAGTAAGGTGACGGCCCTGATTCAAATGATTGTCCTGCTCATCTCGATTCTTGGGAAGGATCAGGTTCTTGATGTTTCACCACGTGTCATGTTGTGGGTCCATATCTCTGGGATCTGTGACACGAGAGGCACGTGAAGCCTGGTACCTGTGTTATTATCCTGCAGTCACTGCAGGGACTTCACCAGATAATAGCTTATCCAGTTTTTTTGTTTTTTTTTATTTGGTTGTCAAGCCCAAATAAGGCCGAGGTTATATGTAAATGAATTGAGTCAGATTAACCTAAATTATCAACTAGAAATTTCATTTAAAAAATTTCAAACAATGCCACCTAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||