| mature miRNA: TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT species: Cynodon dactylon database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|209857641|gb|ES292654.1|ES292654 _03Z_B04 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGGGCTACTTCATGTCATGATCCTTGGCCCCGCGCAGTCACCCTATGAAGGTGGAGTTTTTAAGCTTGAACTATTCTTGCCTGAGGAATATCCGATGTCTGCTCCAAAAGTTAGGTTCCTCACCAAAATTTACCATCCCAACATTGATAAGCTTGGTAGGATATGCCTTGATATTCTGAAGGACAAATGGAGTCCAGCTCTTCAGATACGAACAGTTCTGTTGAGTATCCAGGCACTACTGAGTGCTCCGAATCCAGATGATCCTCTCTCAGATAACATTGCAAAACACTGGAAGTCCAATGAGGCTGAAGCTGTCGAGACGGCTAAAGAGTGGAGTCGCCTGTATGCTAGTGGAGCTTGACACCTATCTCTCTTTGGATGTAATAACATCATCATAGTTTGGACCTGATTGAGTATTGCTTGATAAGAGCAAACTAGAGATATGTTGGAATGGATAAAAGAAGTGTTCAAACTGTAAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT | |||||||||
gi|209858049|gb|ES292872.1|ES292872 _04Y_A05 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCCGGGGGGTTCTCGCATTACCCCTCAGCAATTTGGGTCTCCAGGGTCGATTTCCTCAAGGTCTTGAGAAATGTACAAGCATGATCGGCTTAGACCTGTCAAACAATGATTTTTCAGGACCCATCCCATCCAACATTGCACGACAGATGCCGTTTCTTGCATCTCTGAACCTCTCCTACAACAGCTTTTCTGGTGAAATCCCAATCGGAATCTGGAGCATTACATTTTTGAACGTCATTAACCTCCAGCACAACCAGTTCAGCGGTCAAATTCCAGATCCATTCAGTTTGTTAAATCGGTTAACATCGTTCAGTGTTGCAGAGAATCAGTTATCTGGACCTATTCCGTGGGCATTACAGAATTTTTCGGTTTCAAGTTTTGCTGCTAACCAAAAGCTTTGCGGTGCACCGTTAAGTGACTGTCCCAGTAACAGGAAATGGTGGCAACAAGTAAGGCTGCCCAGAATCAATGATGAGTCCAGTATCGGCGCGGCTGTTGGTTTTGTCGCGGGGTTCGTGCTGGCCTTCTACTTCCCGCGCGTCTTCGGGTGTGTTCGGTTTCACCCCTCTAAATTTAAATTTTAGACCTGTCACATCGAATATTTAGATGCTAATAAAATATATTAAATGTAAATAAATAACAAAACCTATTCCATAACCCCTCTAAATGACGAGACGAATTTTTTAAGTCTAATTAGACTATGATTAGACAATGTGATGCTACAGTAAACATCTTCTAATTATGGC | |||||||||
gi|22099426|gb|BQ826379.1|BQ826379 OK-YZ-B216 Bermudagrass cv. Yukon SSH Library Cynodon dactylon cDNA clone 91-215.M13 similar TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGCGTGGTCGCGGCCGAGGTACTAAATATAGATTAATGACAAAACCCATTCCAAAACCCTAGGACTAAATGACTGAGACGAATTTTTTAATCCTAATTAGATCATAATTAGATAATGTGATGCTACAGTAAATATTTTTTAATGATAGCTTAATTAGACTTAATAGAATCGTCTCACGAATTACCATCCAGCTGTATAATTAATTTTATATTTAGTTCATATTTAATTACCCTATTTAGTAAATAAAGATTCGATGTGACAGCCCTAAACTTTAGCACCAAAAAAACGAACAGCCCCTAAGACACAAACCACAAGATACTTCACGAGAACACCCTTCAGGATGAGAGACCAGACACCAAAGGCACCAGACGATCCAGGCAGCAGCTTCAACAGGGTGGCTTACTGACCACCACGGAGGCGGAGCACCAGGTGGAGGGTGGACTCCTTCTGAATGTTGTAGTCGGCAAGAGTGCGGCCATCCTCCAACTGCTTACCAGCGAAGATCAGACGCTGCTGGTCCGGGGGAATCCCCTCCTTGTCCTGGATCTTGGCCTTCACATTGTCAATGGTGTCAGAACTCTCAACCTCCAGGGTGATGGTCTTGCCAGTCAACGTCTTCACAAAGATCTGCATACCACCTCTCAGACGGAGCACCAGGTGGAGGGTAGACTCCTTCTGAATGTTGTAGTCAGCAAGGGTACCTTGGCCGNGACC | |||||||||
gi|209849608|gb|ES302184.1|ES302184 _25Z_H02 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTGTAAAGGTAAAGATCAATGCCCTTAGGTTCTCTTCGGATCCACTCGAATATTTAGATGCTAATAAAATATATTAAACGTAGATAAATAACAAAATCTATTTCATAGTCCCCTTTAAATAACGAGACGAATTTTTTAAACCTAATTAGATTATAATTAGATAATGTGATGCTACAGTAGATATCTTCTAATGATAGCTTAATTAGATTTAATAGAATCGTCTCGCGAATTAGTATCGAGCTGTGTAATTAGTTTTATATTTAGTTATCTTAATTAGTATATAAAAGTTTCTATGTGACAATTCTAAATTTTAGATAACTAAATCCGAACACACCCTTAGACTTTGTGTATAAAGAAACTATCACACCAAAGAATAGAAGACGAGTATTTGGGTAACAAGAGCAAAACACAGACACGTGATGACGTGAACACTAGGGCCCCGTTTGGGAACCAAAATCTGCTAACAAAATTTGGATTTTATAGTGAATAATAGAAGCTAGCTTTTGCACAAATTCTGTTTGTGTTGTTTGGATAGTTTAGCTCCTAGAAGCTACTTGGTTTAC | |||||||||
gi|209861489|gb|ES298561.1|ES298561 _33X_A12 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TATCGGAGAGATCTCTATTGTTGAAGGAAGCCAAAGCACGAGCGCCAGGACGCCCAGCAACTAAAACTAAAAACACACACAGGCTTTTGTTGCAGTAAAGTCCGACTTCCGGATTCCTTCCCTACCCAAGGTCGCCGCTATCCTGCAATCTGCCCGTCCATACGTCATTGCTCTCCGTTTTCTCTCGTAAACTACTGTCCAGCTGAAATACTGTTGCCATGAAACTGAACTCAAATGAAGGATTGCCGCCCTTCTTAGGCCCTGTTCGGCAACACTCTCTAAAAATTTTAGACCCGTCACATCGAATGTTTAGATACTAATAAAATGTATTAAACGTAGATAAATGATAAAATCCATTCCATAACCCCCCTCTAAATGACGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAGATTATGATTAGACAATGTGATGCTACGGTAAACATCTTCTAATTAGAGCTTAATTAGGCTTAATAGAATCGTCTCGCGAATTAGTATCGAGCTGTGTAATTAGTTTTGTATTTAGTTATCCTATTTAGCATATAAAGATTCAATATGACAAACTCTAAATTTTAGACCTTGGATCCGAACACACCCTTAGTTGTTATGGTCCAAGATA | |||||||||
gi|209860987|gb|ES301620.1|ES301620 _16Z_H03 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCCGGGGAATCATGTGAAGTTTATTACGGAGCTTCTGAGCATATATCTCACTCGGGCAGAAGTGCAGCCAAACGACTAAATAATTCATATCAAGCAGCACATGTTCACATTCGTCCCGACTTCTACACTAGACCTGCTAAGAGAAGAAATTTATGATGGCCGGCGACGAGGGTGAGGCTGCGGCGCCGTTGCTGGAGGAGAAGCCCACGGTGTACTTCGATGGCTGCCCTGGGTGCGCCGTCGACCGGAGGAAGGCGGAGAACCCCGGGATCCCGTACAGGCAGTTCTTCCATATCTGGATCGTCATCCTCGTCTCCTGTTTGCCGATATCTCTGTTATTTCCATTTTTATATTTCATGATAAGAGATCTACATATCGCCGAAAAAGTAGAAGATATTGGATTCTATGCTGGTTTTGTAGGTGCTTCATATATGCTTGGCAGAGCTTTAACATCTGCAGCTTGGGGAATGGTAGCAGACCGCATTGGAAGGAAGCCAGTTATTGTTCTTGGGATTTTCTCTGCGTTAGTATTTGCATTAAGTTGATATGAGGAACCAATGTTGATTTGGATATGAACTAATTTTTTTAGCCTAATGTCTTCATTTTTCTTGTGCTGTTATTTATATCTCAGGCTTGTATTCAACACTTTGTTCGGACTAAGTGTAAACTATTGGATGGCACTTGCTACACGATTTCTTCTTGGTTTCTTAAATGGTTTACTTGGCCCAATAAGAGTATGATAGTTTACTGATTTGAAATATATTTGGTATTCAAACTTCTTATTAGTAATATTACTAATGGCCATTGCTCTTCATAGGCTTATGCAGTTGAAATTTGCCGAGCTGAGCATCAAGCTATTGGACTTTCACTTGTCGGCACATC | |||||||||
gi|209855675|gb|ES294725.1|ES294725 _10W_H04 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CCGGGGAGATAAGGAGAACATGGTGGATACAGAAATGGCTGTGGATGCTGGCATAGCCCAAGAAATCTAGAGTAAACAGCCAAACCGACTTCAGATTCAATCCCTTTTTATCGCTGAAGATGAAGTACTAGTGTGCGAAGTCTGTGGTGCTTGTTTTGATTTTCGTTGTTAATTTGTTTCTTGAACTTCTTTGTGCGAGTGCTGAACTCAAACAAGACTTCAAGGGCGTGTTAAGTGCCTGTTCGTTTCCTGCCCGCTAAATTTTANCGCTGTCACATCAAATGTTTGCGGACTAATTAGACATACTAAATGTAAATTAATGATAAAATCCATTTCACGACCCCCCCGCTAAATGACGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTATATTATGATTAGACAATGTGATGCTACAGTAAACATCTTCTAATGATAGCTTAATTAGTCTTAATAGAATCGTCTCGTGAATTACTCTCTAGCTGTGTAATTAGTTTTGTATTTACTTCATGTTTAGCTATACTATTTAGCAAATAAAGTTTTGATGTGACACCGCTAAAATTTAGCAGGCAGGAAACGAACATCCACTAAGCTTGGTTGTTGATTGCCTGTATTCCCTTACTGAGCCTGCTGCTTTGCAAGTGCCAGTCATGCATCTGAATATAGTTGATTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTCGGC | |||||||||
gi|209848555|gb|ES306378.1|ES306378 -53-N17 Bermudagrass Normalized cDNA Library Cynodon dactylon cDNA 5', mRNA sequence TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGGGACTCAAGTCGGTGCTGCGGATTTGGGTGCGAAGATGGGACTGTTGTCTGCTGGGTTCGAGTTGTCGGGCGTCTACTTTGAACATGTGGTTCGGAGTAGGCTTGGCTGGTGAACGGCGTTCGCACCTTACCATTTGGCTTTGCGAGTCGAGCTACACACTTGACCATTTGGCTTCATGCTCGCAATCACGGCCATCCGTAGCACAGAGGCACTTGGCTCAATGAGCACGTGCTGACTGGTGAACCAGTGGGTGTCTGAGCTTGGAAGCTGAGTTACGCGTGTACCTCAGGGGCTGTTCGGTTCCTCCCCGTTAAATTTTAGACCTGTCATATCGAATGTTTAGATACTAATTAGACGTACTAAATATAGATTAATGATAAAACCCATTCCATAACCCTAGCGTTAAATGACGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAGACTATGATTAGATAATGTGGTGCTACAGTAAACATCTTCTAATGATAGCTTAATTAGGCTTAATAGAATCGTCTTGCGAATTACTATCCAACTATGTAATTATTTTTGTATTTAATTTATGTTTAATTATACTATTTAGCAAATAAAGATTTGATCTGACAGCACTAAATTTTAGCCCCAAAGAAACGAACACCCCCTCGGCTGGCTGGAGCGGGGGGCCTTGTTT | |||||||||