| mature miRNA: AATACTCCCTCCGTCCCAAAT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|157980280|gb|EX528552.1|EX528552 MTGland_A043_2007-05-31/MTGlandA043_B08_031_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGGCCCTCCGTCCCNAATTGTATGTCGCTTTAGGGAAATTTTTTTGTCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCAATGTTACTTTTCCTATTATAACCTTAGTTATTTATTACTCTCTCTTCTTTCAATTCTTTCATTTATCTTTCCCATATTATTTATTAAGGACAATTTTGTAAAACAACTCATAATATCTCTTTTCCATACGATATTAATTGCATTTCTTAATATGTGTAAAATACTTAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATATGATTATTATTTATTAATAAATAGAAAATATTTTATCTAGGGGGAGGGGATACCAAATATTTATAAACTACTATCATTGTTTTACATCATATCATATCATATAAATATAAACTTGAACATGGCTCGGTCTAAGGTGGGAGAGTGGAGCAGGTGTTTAATGATGGGCGAGTGGTAAGAGGTATTAAATCGGCTCACGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACNNGT | |||||||||
gi|157985004|gb|EX533276.1|EX533276 MTGland_B047_2007-06-23/MtGland_B047_E08_028_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTAGTATTATTACATTAAACTGATTTAAGCCTGTGGCTTAACTATGTGACTGAGAACACTGGCGTTTATGTCCCAATCCTATTCCCCACAACACTGCATTACAGTCTCTATGTTGGAGCCAGCTGAAATTATTCCAAACTTTCATAATTAATTAATTGATCATATACATGCTTAGTATAATTACTAATCTGTTGTCGGAAACGTATACACAATTGACAGAACTTTTTGATCTATCATTTTTGTTCTTGTGAGTTTATCTTCTTACTTTAGTACTACTTTAGTAAATGCCACCCTAGATTTACTATTCTAACAATTTTATGACAATAATTTAACCAAAGTTTGTCTGCTATAAATTCAAAAAACAAAAATTAAGAAAATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACGTATTAAGAAATGTAATTAATATTGTGTGGGAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTATCCTCAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAGGAATTGAAAGAAGATAGAGTAATAAATAGTTAAGAATATAATATGAAAAGTAACATTAATTTTTCATTGATATTGTAAAGCGATTTATAATTTGGGACAAATATTTTTTTTAAAATGACATACAATTTAGGACGGAGGGAGTAAGTGGCATGGAGCTATTACTGAATTAGGATTCTTCCACAAGATTACTTGGAATTGCTGCCTTTCTTGTTAGGGGCAAAAACTTTTTTTTGGAATCATCAAATGCAAACTTTAAAGCAACGAATTTAATTGTAGCTAACTACCATTCATATCCTAACTTTAAA | |||||||||
gi|27811259|gb|CB066739.1|CB066739 EST645362 GPOD Medicago truncatula cDNA clone GPOD-34M8, mRNA sequence AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCTCTATGGATTTGTTTTATCTTATCTAGAGTGGCAATTTAGAAATGGAAAATAAAAAATAAATGTAAAATAAAACATTTCGATTGTTACACTTAGATGGAAAAAAGTGGCTAAGACATTGTATGTTAGTATATTTTGTTGACACAAAATTTGTAGTGTCCTATCATCACCTAATTGAAACGGAGGGAGTATTATTTTCTGATCACAATTCAACATGTTTTTAGCATTTCCTCAAAAACAAAAACATATTTTTAGCATGTGAAAATTGATAATATCCTATCATCGAAGTCCCACCGAAGTAAATACACCTTTCTATTAACCTCAAGTTTTCATTTTGATCTTTCCAATTTTCACTTATTTATTACAGTAACCTGACCCACCAATATATCTACCAATTAAATTTAGAAACCGAACCAACCAGACCCTAGCACTATAATTTTTGAACATTTGGGGGCAACTCACCCCCCTCTACCATCTCTAAATGCATTGTGATCAATTATTCTTATACGAGGACAATAAATGTTGAAGTTATGAAAAAATTAAGGAAGCACTAAATATTTTATCATATTTAAGATTTTTTTTATTGATTTGTGCCTGTAATGCCATGTTGGGGCAAGAATTTTCTCTCTTTTTTTTCTAGGTTAAAGAAGAATATGGCTCTTGTATGCTTTGTGTACATTTCCCTTGTTTAATTGAATAATTGTATTGAAAATAAAAATAAAAATCCAGGCCAACTTTTATGGCGATATGGAAGAAAGGATCTGTGGAGCAATTCTCACCAGCACCATACCTAGCAACACTTGTTAACTGCATGGTATGGACACTATACGGTCTGCCTATGGTGCACCCGGACAAGCGTGCTCGTGGT | |||||||||
gi|157984817|gb|EX533089.1|EX533089 MTGland_B045_2007-06-07/MTGlandB045_B07_031_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CNNTTACGGCCGAGCCTATAATTTAGGACGGAGAGAGTATTCAACTATATATATGTTAANACATGAAGAAAGACATTACATCGCAGGCACGCATGGAAGAAATGAAGTGGGTGGATAAAATCAATGAGGAGATTAACAACAGCTGTTCTTCAATACCTGATGAGATTGAAAAATGGAAGAAGCGTTCCATTTACAAAGTACCCTCACGGCTGAAGGAGCTAAACAAAAATGTCTACAAACCACAAAAAATTTCGTTTGGTCCTTATCATCATGGTGAGGAGCATTTGATGGCAATGGAAGAGTACAAGCATAGAGCCCTTATTCATTTCCTAAAGGAATGTAAAAAACCCATTGAGTTATTCGTCCAACGTTTGGATCAAGTGGTCCATGAACCTGCCACTTGATCCAATTTGGATACTTGACAAGTCAAAGTTCCTTCAAATGATGATTCTTGATGGTTGTTTCATCTTGGAGATTGTGAGACGTCCTTCTCCAAATAACTATAATAATTTGTTGCCATATATCTTGCGTGACATGCTTATACTTGAAAATCAAATACCTATGACGGTTCTTCATACATTGTTGCAGGTTGAAAAAGGCGATAAGGTAATAATATTAATGGTGTTTTCTTTAAAATTATTTTTTTTTATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACNTGT | |||||||||
gi|157979559|gb|EX527831.1|EX527831 MTGland_A033_2007-06-18/MTGlandA033_G01_002_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CACGTGGCAGAAGTTGCACAGTCNGCNACNGCCACNTGGCANAACCCATGCCATATCATCAAAAATGTGGGGCCAGGGNCATTTTTCNAACNAAAAAGTTTTTNCNGGGANGTTTTTNNAACATTTTTTTTTNCNGGGACNAAAATNAAAACNGACCCNAATTACNAGGATGAAAATCATATTTAAACCTAAAATATATTATTTTTAGATGCTTTACCTAAAACATTAATCTAGAATCGTGATGATTCTGCATAAAGATTGAAAAATACTCCCTCCGTCCCTAAATAAATGACCTAGTTGACTCTGACACACATATCAATGCATATGTTTTATCTTTGATATCTTCAATTCTCTACTAAAAAAAATTATAAAATTTAATATTTTAAAAATACTCATCGAGACGAATCCAACAACATCTTACATGATATTATTTATCTTTGTGAATTAGTATAAAAGTATAGTCAAAGTATGTCAAGTCAATTATGTATATTGTCAACTGGGTCATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTATGTTTTATGAAAATAACCAAGTTTTTAGACGTGTGTTTTTGTCCTANGTCATCCAAAAATAGAAAATCGTTGCACGGAACGAAGTTGACAAAGACAATGATGAACAAAACAAATTTTAGAATGTTGATTATCTCGAGAAGAGTATTATATGAATTATGTCACATTTACATAACACCACCATTTTTATTATCAATGACCGGTCTCCCTAACCGTCACCTCCTTCTCCACCAACGTAAAAGTCTATAACATTTTCACGACCGCCCCTTATCAATATCAGTCCCCTTTCCATCATCNNGGGGTTCTATGTCGGTTGCACCACCACCTTTTCCGTANCTGGAAATNGGNTTGACATATCCAGCACCACCCCATGTTCTACCGCCGCCAACCTTTCCACCACCNNCGCCTTTCCA | |||||||||
gi|148765281|gb|ES611975.1|ES611975 MTGland_A014_2007-05-10/MTGlandA014_D03_013_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAATTGAATGCAACTTACATTTAATTTTACATTGGAAAATATGATTTATTTGAAAAAACATAATAATAGCATAAAAGTTGATCTTTTTTGCTTATATTTTGAGACAAAGAAAATGAGATTTTTTTGCTTATATTTTAGGACGGAGGGAGTATTAAATAGGTTATTTTTGTCTTTTTAAGCAAAACAATATCTCACCCTCTTGTTTCCGTCAAATCCAGCAAAGAAAGGATTTTTACGTGGGTCCCGCCTGAAACTTTCTTTCCTTTCTCATTTGTAGGGGTTCCAAACAATGGAAAGTAGATCTTTCCACTAACTTTCTTTCCTTCTTCTAATCTTTCCACTAAACCAAACACACCCTAAGGGAAAGAATGAAACACATAGGTCCCACACTAAAAACCATTCCATGCCAATATGGGCAGAAAGGTTTGAGGAAACAACCATTTTTGTTTAAAAAGTCTAAAACACCCCTATTAAACCGAACAACCAAAACAATCCCTTCACTTCGATCTTTCTTTCCTCCAATTTTCCAATCCACTTTCTATTAAACCAAACAACCAAAACAATCCCTTCACTTTCCATTCCCTTTCTTTCCTCATACAATCTTTCATGTCACTATCTTTCCTCTTACTTTCTCTTCTCATCCAAACATAGCCTAAAAGTTGTCCTTAGTAATGCAACGGTCATCGTTGCAAAGTAAAAATGTCCAACGCTCCAAGTTGCAAGAAAGGACATGCA | |||||||||
gi|161108137|gb|EY476853.1|EY476853 METAV91TF JCVI-MT3 Medicago truncatula cDNA 5', mRNA sequence AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGTTACATTTTTCGTCTTCTGCACCTTATGGATCGATTCCATCCTATCATATACCTTTTCTTCTTGGTGAACCTCCCAGTAAAGATCATGCATCTCAAAATGACTCCCTCAGTATTGTTCCTCTTGGAAAGGATTCCGGAGTAGAGAAAAAGAATAGAGCTACTGTTGTGATTGATTTGGAACCCAGGGAACCGACACCAGGTATAGTTGATGTTAACATTGAAACAAATTCAGAAAATGGTCAGATCATCCAAGGTCAACTTCAGGGAATCACAGCAGGCATAGAAGACATGTTTCTCAAGACCATTGTTCCATCAGACATCCAAGAAGACGCCATACCTCAGTACAACTTTGACTTGTTCACTGCTTTATGGGAGGCATGTGGCTCATCCTCTAGCACTGGGCGGGAAACCTTTCAATTGAAAGGGGGCAAAGGGATCGCTGCCATAAGCGGAACACAATCTGTCAAGCTTCTTGACGTCCCTGCGAACTCTTTGATCCAGGCAACTGAGCGCCATCTGGCACGTTTTGTTGTAGGTGTGAGTGGGGAGTCACTTATTGACGCTGTATGGGAAGGAGGGATTATTCAGAATGTCATCTGGGAAGATGCTTCCCCTTTTGCAACTCCAGTTACAAATACTGATACAGGACCACTTCGTCTTACATACAATAATGAAGAGTATGAAAAGGGAGGTATTATCAATAGCAGCAAAAAATCTGGGCTTTTTTCTTGTTCTAATATTCCTTCCAC | |||||||||
gi|7565293|gb|AW690557.1|AW690557 NF035H05ST1F1000 Developing stem Medicago truncatula cDNA clone NF035H05ST 5', mRNA sequence AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GAGAGAGAGAACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAAGGTTATAATAGAAAAAGTAACATTAAAGTTGCATTGGTATTGTAAAGCGACGTACAATTTAGGACAAATTTTTTTCCCTAAAGCGACATACAATTTGGAACGGAGGGAGTAGATAACTTCGTACGCACAAATTTTAATGATGTTATTCGAACAGCTGTTTTCAGTACTCAAACAGTACGACAAAATAAGGAGCCTTCTACTAAAAAATACAAAAAATAAGCAACCTTGTATGCTTCCAGCAATTATGTGATGATTAGTAAGAAGAAAAATGCTACAAAGCAACGCCTAAGTTGTCTCACTTCTTGACCTCTTCATACTCTGCCTCTGGAGCCTGATCACCACCACCTGGAGAACCTCCATCAGAGGAACCTCCACTTGACCCACCTGACATATGCTGACCAATCTTTGACACGGCTTTGTTAGCAGCATCAAGTTTTGTCTTAATTTCATCAACACTTTCTCCTTCCATAGCCGTTCTCAAATCTGAGACCGAGTTTTCAATTTCCTTCGCAACCTCACTAGGAATCTTTTCCCTATACTCCGCTCAAACTCTTTTCAATCAGAGTAGATTGATGTGTCAGCACTATTTCTTGATATC | |||||||||
gi|157981216|gb|EX529488.1|EX529488 MTGland_A054_2007-06-25/MtGland_A054_H10_033_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ACGGCCGGGGGGGTGANTTTGGGTCAAAAATTGACCCTAAATCCCTCTTTGGTGGACGAAGGTGAAGAAACTAGAGTTTTGGTGACGGCTCCCAAGAGAGAAGGGGAAGAGAGACCGTGTCAATGGATCATGACACCTGTTATTTTTTAGAGAATGCAACACATGGATAATCNCGCAGATCAATACTCCCTCCGTCCCNAATTGTACGAGGTTTTGGGCTTTTCACACATATTAAGAAATGTAATTAATATTGTGTGAGAAACAAATATTATGAGTTGCTTTACAAAATTATCCTTAATAAATGATACGAGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAGAAAAAGTAAAATAGTTAAGGATATAGTAGGAAAAGTAACATTAATGTTTCATTGGTATTGTAAAGTGAAATACAATTTGGGACAAATATTTTTTCTAAAATGACATACAATTTGGGACAGAGGGAGTATGTTAATTCAGTTGAGTATGTTATTAATTTAGATCATGTTAAAAAGAGTTGCGTTATTTAAACAAACATTTTTATGACAACTTTTAGTACAACAATAAATTTACAAAGAAAAAGAAGTATTGATACATAAGTCAAAGAAATAGACAAAAGAAGTAAATACATAATGTAAGTATGTGAAAGAAAGTTGTCACTAAAATTGTTAAAACATATTCNCTCCATTCCTATTTATGAGAGAAATTTGACTTTTTAGATTCATTGAGTAATTGATGTATCTTGTCTAGAATATAGATCAAATGCATCATTTATACNATGAATCAAAAAAGTCAAATGNTNCTTATAAATANGACCNAAGGGAGTAGTCAACAAAGGTAACTATCNGTCACACACCAAAGTAACGTGTGTGTGACGCGTGCTCTCTAAAANNGGAGTAGTTNTACAACTATCTTTTCNCTTTGATCTCTCTTTACAGTGATTANTGAGCTGTCNTTGANGTANAAAAANNNACNCGTTTNANANATATANATANNTNTTTNAT | |||||||||
gi|157980222|gb|EX528494.1|EX528494 MTGland_A042_2007-06-23/MtGland_A042_E02_004_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me AATACTCCCTCCGTCCCAAAT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGCCGGGGCACTCTAATTGACNNATTGTATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCACTTAGGAAAAAATATTTGTCCCAAATTGTATGTTGCTTTACAATACCAATGAAAAATTAATGTTACTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTTATTACTCTCTCTTCTTTCAATTCCTTCATTTATCTTTTTCATATCATTTATTGAGGACAATTTTGTAAAACAACTCATAATATCTCTTTCCCACACAATATTAATTACATTTCTTAATATGTGTGAAATGCCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATAACATTGGTACCATTATGGTACACNAGTGTTATCTGTATATAACACATATCCTAGGGACTCACTAATGCAAGTACACACAGGGCCGTCCCTGTGAAATAGGAGGCTCGGCTCTCTTTTTAAAATAGACCCCTAGTAAAATAAAACGTAATTTTTGTGTAGTTAAATTTCATTAAAAAAAACATAATAAGAAGAACTTCTAAACATGAAAGGAATTAAAAAAAAAATAAGTGAAAGAGGTGAAATTTATCTAACGGTGTCGTTTGGATTTGTCACTCCTCTGTTGTGGAAAAGGGTAAAACGAATGGTTAATGCGAAGAAAAAAAATGATTGTTGTGATTCTTTCAATGAAATAGTTTTCCNAATTGACTGATTAAGTGATTATACAAATTANGGGTGATTTGATAGGATCTGATTTATGTACAAAAAGGAGAACTAGAGTCTAGAAAAGAACTCNAATGTGTACTAAAGAAAGAAAAGGATATAACATATATATATTTTTATTTAAGTGGGGGGTGGGTACTAAATTTAATTTTTCGTTAGAGACCCGTANCATTTANAGGNCCNGNCTGATTGANTACCTTGCACANCTTCNNGGNCNGGCCTGANTGTATCTATCTATATATATATATNGNANGCNNNGTCNCNCNNTAGNC | |||||||||
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