| mature miRNA: ATACTACCTCCGTCCCTAATT species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
gi|157979559|gb|EX527831.1|EX527831 MTGland_A033_2007-06-18/MTGlandA033_G01_002_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med ATACTACCTCCGTCCCTAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CACGTGGCAGAAGTTGCACAGTCNGCNACNGCCACNTGGCANAACCCATGCCATATCATCAAAAATGTGGGGCCAGGGNCATTTTTCNAACNAAAAAGTTTTTNCNGGGANGTTTTTNNAACATTTTTTTTTNCNGGGACNAAAATNAAAACNGACCCNAATTACNAGGATGAAAATCATATTTAAACCTAAAATATATTATTTTTAGATGCTTTACCTAAAACATTAATCTAGAATCGTGATGATTCTGCATAAAGATTGAAAAATACTCCCTCCGTCCCTAAATAAATGACCTAGTTGACTCTGACACACATATCAATGCATATGTTTTATCTTTGATATCTTCAATTCTCTACTAAAAAAAATTATAAAATTTAATATTTTAAAAATACTCATCGAGACGAATCCAACAACATCTTACATGATATTATTTATCTTTGTGAATTAGTATAAAAGTATAGTCAAAGTATGTCAAGTCAATTATGTATATTGTCAACTGGGTCATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTATGTTTTATGAAAATAACCAAGTTTTTAGACGTGTGTTTTTGTCCTANGTCATCCAAAAATAGAAAATCGTTGCACGGAACGAAGTTGACAAAGACAATGATGAACAAAACAAATTTTAGAATGTTGATTATCTCGAGAAGAGTATTATATGAATTATGTCACATTTACATAACACCACCATTTTTATTATCAATGACCGGTCTCCCTAACCGTCACCTCCTTCTCCACCAACGTAAAAGTCTATAACATTTTCACGACCGCCCCTTATCAATATCAGTCCCCTTTCCATCATCNNGGGGTTCTATGTCGGTTGCACCACCACCTTTTCCGTANCTGGAAATNGGNTTGACATATCCAGCACCACCCCATGTTCTACCGCCGCCAACCTTTCCACCACCNNCGCCTTTCCA | |||||||||
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gi|157980222|gb|EX528494.1|EX528494 MTGland_A042_2007-06-23/MtGland_A042_E02_004_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me ATACTACCTCCGTCCCTAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CGGCCGGGGCACTCTAATTGACNNATTGTATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCACTTAGGAAAAAATATTTGTCCCAAATTGTATGTTGCTTTACAATACCAATGAAAAATTAATGTTACTTTTCCTATTATATCCTTAACTATTTATTACTCTCTCTTCTTTCAATTCCTTCATTTATCTTTTTCATATCATTTATTGAGGACAATTTTGTAAAACAACTCATAATATCTCTTTCCCACACAATATTAATTACATTTCTTAATATGTGTGAAATGCCCAAAACGTCATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATAACATTGGTACCATTATGGTACACNAGTGTTATCTGTATATAACACATATCCTAGGGACTCACTAATGCAAGTACACACAGGGCCGTCCCTGTGAAATAGGAGGCTCGGCTCTCTTTTTAAAATAGACCCCTAGTAAAATAAAACGTAATTTTTGTGTAGTTAAATTTCATTAAAAAAAACATAATAAGAAGAACTTCTAAACATGAAAGGAATTAAAAAAAAAATAAGTGAAAGAGGTGAAATTTATCTAACGGTGTCGTTTGGATTTGTCACTCCTCTGTTGTGGAAAAGGGTAAAACGAATGGTTAATGCGAAGAAAAAAAATGATTGTTGTGATTCTTTCAATGAAATAGTTTTCCNAATTGACTGATTAAGTGATTATACAAATTANGGGTGATTTGATAGGATCTGATTTATGTACAAAAAGGAGAACTAGAGTCTAGAAAAGAACTCNAATGTGTACTAAAGAAAGAAAAGGATATAACATATATATATTTTTATTTAAGTGGGGGGTGGGTACTAAATTTAATTTTTCGTTAGAGACCCGTANCATTTANAGGNCCNGNCTGATTGANTACCTTGCACANCTTCNNGGNCNGGCCTGANTGTATCTATCTATATATATATATNGNANGCNNNGTCNCNCNNTAGNC | |||||||||
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gi|157978989|gb|EX527261.1|EX527261 MTGland_A026_2007-05-17/MTGlandA026_E03_012_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med ATACTACCTCCGTCCCTAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CNTNACGGCCGGGANGGNANNTAAGANAGTGGATATTTGTATTAAAGTTGTTTGTAATCACTATTGTTTTTACAATTTTATCCTTTAAAAAAGAAGGTTAGTTTATGTTTTCAACATGTTATTTATTGTTGATTGAAGAAAAANATGTATAATAAATAGGGGCATGTATGTAAAGAAATAATTAATGTAGTTGGAAATAACAAAGGGGTCTTATAAAAAGGGACAAAAAAAATTCTCAATAGGGTCTTATAATTAGGGACGGAGGGAGTATATATTATGTAACTTTAACTTTTTTAATTTTAAGATAAATTGGTAATCAGGGCCGGCCCATAGCCCGTCGAGGCTGGGCGACGACACCGGGCCTCCAATTTTTTGGGGCCCAAAATATTTTTTTTTATATGTAAGACACAAAAATAATGATTATATATCTTTTAAAAGCAAAATTATTTAATTTGTACAGCTTGCTTTAGTGACATGACCATTTTTTGTTGAGTGTGAGGTCATGTGTTCAAGACCCAGTGTGATTTTTAATTATTTTTTTTAAATAACTTATTTATTTTTTTGGGGCCCAGATTTTTTTTTTTTGCATCCCTTATAAAATTAAAACCGGGCCTATGAATTTGTTAAAACGGCCTTGTTGGTAATATCAATAAGGGTATGTCATGGAAAAAATGCACTTAATAATGCATCTAGTAANNTGTATAGGAATTTATAATTAANAACNAAAGGAATATAAAGTTTAAATTTTAATTTTTTTTTTATCACAATAACACCNANNTTTTNNNANANCTANACNA | |||||||||
gi|27408110|gb|CA921180.1|CA921180 EST638898 MTUS Medicago truncatula cDNA clone MTUS-37A4, mRNA sequence ATACTACCTCCGTCCCTAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CAATTATTGATTGTCTTGGTTTGTGTAAAATGTCAAAATGTGACAATTAAAAAGGAACGGAGGTAGTATTTAGTTCTTACAGTGTCAATTCCCAGGCATTTAAATGACCAATTTAAGAATCATTACATGAATACAGTTTTTAAGTACAAAAGGTGCTTATTTCAGTTATACAAACCCTAAGCACAGATTTATTAGGGTCTAATGACTAAAAATCGATGTATTAACTTGGAGTGCTTTCAAGTTTCAACCAACATATGCGACAAATTGGTAACCGGATCAGATTCCCTTCAGGTTGAGAGTAATATTGACAAGGTCTTAGCTCCCCTTATTTTTAGCAACAGCATCTGATAGCAGAGTTTCAAGGTCTCCTTTCCTGTACAGCTTAAGTGTA | |||||||||
gi|157981174|gb|EX529446.1|EX529446 MTGland_A054_2007-06-25/MtGland_A054_D09_037_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Me ATACTACCTCCGTCCCTAATT EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GNNNNNNNNNNACGGCCGGGGGTGGTGTGAGTGAAGAGAGAGCGGTGAAAGTTTTAACTTGTATTTATGATTGCGTAAAAAAACTTGTTTTTATGAAAGGAACTTGAGTTCACTTCAAAGCATACGCACGAGTTATGCGTGTTATGTACTCCATAACTTGGGCTTAGGCTAAGGTAGGAGACCTCAATGGGTCTCCTACAGTAGATGACTACATTTTTTTTTTTGTTTGTTTCTAAAATGCTTTTTAGCCATTGGATTTGAAAAGAAGTTTTGAATGACATAGATCTTTAGACATGTTGACCCACTGACAATGTATATTACTTCCTCCGTCTCATATTAAATGATCTAGTTGACTTCGACACACGTACCAATGCATATGTTTTATCTTTGATATCTTCAATTCTCTATTAAAAAAATTATGAAAACTTAATATTTTAAAAATATTTATCGAGACGATTCCAACAACATCTTATATGATATTATTTATCTTTGTGAATTAGTAGAAAAATATGGTCAAAGTATATTAAGTCAATAATGTATATTGTCAACTAGGTCATTTATTGAGGGACGGAGGGAGTATAATGTTTAATTTTTGTCTTTNATAAAGTAATGAGTAAATAGTCAATTTCCCCCCTGAAATTGTAAGTTTCATCAATTATCCCCCTGAAATTAACAAAACTTCAATTACCCCCTTGAAATTTCACAATATTAGTCAATTTACCCCCTCCGTCAAATTTTTCTGTTAGTGAACATGACGTTTTGCAAATATCCACCTGAAGTTTTGCACTTATGTGCNAAATGNCCCCAAGCTTAAAAATTTATATTATTTTTTTAAAAAAAACAAACAATTAATAGTTAAATATTAAAGTTAACTATTAATTTTGTAGTTTGGAAAAACCACATACATATATACATCAAATTATTTTTAAAGTTATATGTGATTANNATATTACTGATGACCTGCNNNANNNGNAACNANNACTGGCTTGACCTANAATGNANTNNA | |||||||||
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