| mature miRNA: ATTTGGGACGGAGGGAGTATA species: Medicago truncatula database: miRNEST The numbers on the right side of the alignments show a score calculated for them. When calculating the score, a mismatch is given a score of 1, bulge: 2, and wobble: 0.5. |
| Predicted miRNA targets | |||||||||
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gi|10699638|gb|BE999362.1|BE999362 EST431085 GVSN Medicago truncatula cDNA clone pGVSN-15P6, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): ATATTTCTTGTGGTAACCAATGGACGTGAGTAGTTTCTGACATTAATTTCTTCTTAATGTTATATACATAATATTCCCTCCGTCTCAAAATAAAAAGTAAAATTGACTTATATTTTAAAACAGAGGGAGTATTTCATTACCTCGTGGTAACATTGATTTGTTGTTGTTTGACTTTGCAGAAGAATGTAAAGATGATGGTGATTGTCCAACAAATATGTGTCTCCCTTCTCTAGTTTCGAAATGCATTAATTTTATTTGTGAGTGCACACATTCGATGAGTACTGATTAATATTAAAAATACCTATATGTTATTAAAAAGCATATATTTCAATGGGGTTTACTTTCTTGGCAAGTTTCCTTTTCTTAAAAAATAATAATTTGTAATAAGTATACAATTTATTTGTACTTCATAATTTTCCTCACAGTTTGATTTATATTTTTCTTGCCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGATTCTTTGGATGACGCAGCCATGAAGCAAAGATTTGGTGAGAACATGGGTCAGCTCTTGGACCCAAATCATGCCTCAATATTGAAGTCAGCTGCAGCTGGTGGTCAGCCTTCAGGGCAAGTTTTGCATGGCACTGCTGGTGGGATGTCTCCACAAGTTCAAGCTCGTAGTCAGCAAC | |||||||||
gi|161110418|gb|EY478289.1|EY478289 METBC36TF JCVI-MT3 Medicago truncatula cDNA 5', mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GGATCTAAAGGAGAGAAAATATGGCTCAGTTTCTCATATTTGTTTATACTTTGATCATTTTTATTTCTCTATTTCTAGTTGAAGCGTCACCGCGTATGACATTTTTCACACCATTTTAAATTTTCCCAATTTATTTTTATACACAATATTGTATCATCTTTTAGTAACTTTTTTTCTTAATTGAGAATGCAGTTCAAAGACCCTGTGTTACTGTCGCTGATTGTCCACCGGTAAAAAAACCTCTAAAGATGTGGTGTATTAGACAGACTTGTTTTTATGGTTTTGGAAAACGCCCCGATCTTTAAGTGAATAATAATATTATGTGCGCGTCATAATAGTAACACGATGCGCTCTTTTTTTTCTTCCTTTTGTATTATCCCACTAAGTTTTCTGCTAGCAAGGATTTTAACGACATTGTTGTCTGTAATATGTATCCCTTAGTAATATAATACTTCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGTTTTAGGGAAAAAAATTTAACCTAAATTATATGTCGTTTTACAATCCAATACAAGATTCATTTATCTTTTCATATAGTTAGTAAGCCCATCTGTAAACAAATATGAGAATTTATTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
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gi|9683085|gb|AL383334.1|AL383334 MtBC13E04R1 MtBC Medicago truncatula cDNA clone MtBC13E04 T7, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AAGAGATAATGTTGCAGGATCACATGGTAACTTTTTTAGGATTGTGCAGACCCAAACTGGTGGTAACTATAACATTCAATGGTGCCCTACAGAGGCGTGCCCTAGTTGTAAGGTTCAATGTGGGACTGTTGGTGTTATTCGTGAGAATGGCAAGATTCTTTTGGCCCTTGATGGTGGTGCCCTTCCAGTTGTGTTCCAGAAAGAATGATTATTAGTACAATGGTGAAGTTTCTTTATGTGGTGCAGTTTTCTTTGTTGCTCTAAATGTAAGGTTAATAAACATATACTCCCTCCGTTTCAAAATACATGTCCATTTTGGTGAAATTGCACTAACCAAAAAACCAAATAAATTTTGTTATTTTTGATGAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
gi|148764226|gb|ES610920.1|ES610920 MTGland-A001_2007-02-01_1/MTG-A001_D06_021_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Medi ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AGTCCNTATTAGCGGCTACCATATTTTATTAAAAAATAAAAAATTATACTACCTCCGTCCCTAATTATAAGACCCTTTTGAAAAAAAAAATTGTCCCTTTTTATAAGACCCCTTTGCTATTTCCAACTACATTAATTATTTTTTTACATACATGTCCCTATTTATTATACATCTTTTTCTTCAATCAACAATAAATAACATGTTGAAAACATAAACCAACTCTCTCTTAAAGGATAAAATTGTAAAAACAATAGTAATTACAAACATATTTAATACATATATCCACTATCTTAATTCCCGTTATTTTTTCAAAAGGGTCCTATAATTAGGGACGGAGGTAGTATATATTTTTATTTTTTAATAATTAAAATAAATAAATACATATGTGGCGTCCACATCAACTTTGATTTGGTCAAAATTGGCATAGGGGCCAAAACTGTAAAAAAGTCAATATTTAAGGGGCGGTTTTGTAGTTTATTTAATTAGGGGTCAAAATCGCAATTTTTTAAAATATAGGAGGCCAAAACTGCAATTAAGTCTAAAAAAAATTCACTTTTCAACCTCTAAATTTACCCTATTTTGCAACCTTAAGGCCCCCATCAACCACCACGCGACTCCTCACTTAAGTGACTTGGACGCCAGTGAATTAGTTTTCANTTAAATTTAAAAGAAAAAATCACTTGTGTATTTAAA | |||||||||
gi|157983983|gb|EX532255.1|EX532255 MTGland_B034_2007-06-23/MTGlandB034_B04_015_1 Medicago truncatula A17 glandular trichome Med ATTTGGGACGGA-GGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): AATCTTNGTGTANAATCAATGAGGAACTTAAACACTTTCTNNNCNGATNGATCGAACACTTTGTTGAGTTATGCCATTCNAACGATCTCTTCNAGACNCGTGAAGATAATACATAAATAATGATGTGAACATGCAAATATATTTCCATCCGTTCCAAATCAGCAATATAATCGAGCTTTTTCAATCTCAATTTTCTGTGCAGCAGTTCGATTTGCTAGGATCCTAAGAACATGCAAATATTTTTCCATTCCTTCCAAATCAGCAAAATAATCGAGATTTTTCAATCTCAATTTTCTGTGCAGCAGTTCGATTGTTGTGTAACGCTTGTGGATTGCGTTTCAAGGCTAATGGAACCCTTGAACCANCAAAATCTGTCNATGGTTGCAGAATCTACCTGCCAAAGAAATAGAAA | |||||||||
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gi|89245151|gb|DY616938.1|DY616938 AC2591 NOLLY Medicago truncatula cDNA 5', mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): CTAGTTTCTCATATTTGTTTATACTTTGATCATTTTTATTTCTCTATTTCTAGTTGAAGCGTCACCGCTTCAAAGACCCTGTGTTACTGTCGCTGATTGTCCACCGGTAAAAGAACCTCTAAAGATGTGGTGTATTAGACAGACTTGTTTTTATGGTTTTGGAAAACGCCCCGATCTTTAAGTGAATAATAATATTATGTGTGCGTCATAATAGTAACACGATGCGCTCTTTTTTTTCTTCCTTTTGTATTATCCCACTAAGTTTTCTGCTAGCAAGGATTTTAACGACATTGTTGTCTGTAATATGTATCCCTTAGTAATATAATACTTCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCATTTTAGGGAAAAAAATTTGACCTAAAGTATATGTCGTTTTACAATCCAATACAAGATTCATTTATCTTTTCATATAGTTAGTAAGCCCATCTGTAAACAAATATGAGAATTTATTTTTCCACTCTCGATGCATCTTGCACGTCCTTCAAATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
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gi|9670983|gb|AL371230.1|AL371230 MtBA42G02R1 MtBA Medicago truncatula cDNA clone MtBA42G02 T7, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCTTGATGAATTGAGTAGTAGTAAAAATGTTGTTGGAGAATCGACATCAACATACCAAGTTGAAGTGGCAATACCAAATTCACCCATTCTTGCACCTCCGGGATATTATTTACTATTTGTGGTCCATCAAGAAGTTCCAAGTCAGGGTGTTTGGGTCCAACTACTCTAATTTTCAACTACATTATGTATTATTATAGTTTATATCCTTGTTCTTCTTTCTCTAAAATATTTATTGGTGTAATTTAAATGTAAGTGAACATATTTCTATTGTAGATGAGCATTGAATTCAGTTGGAAAAATAAAATTCAGAAAGTAATGTATAGGAGGGTTTGTAATTTTACACGAAGAGAGGGGTTGGTCATTATTGATTACCGCTATGGTACTTTTTTTTAATAAAACAAACTACCTCCGTCCCAAATTGTATGTCACTTTGCAATAAATATTTGTCCTAAATTGTATGTCGCTTTACAATACCAATGAAAAATTAATGTTATTTTTCCTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA | |||||||||
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gi|57567938|gb|CX540913.1|CX540913 s13dNF08A01GS005_465112 Germinating Seed Medicago truncatula cDNA, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GCCTCCTGCCGAATTCGGCACCAGGCTAAGTATATGTTTTGGGATTCAATTCATCCTACAGAGAAGGCATACCACAACCTCTTCTTGGCTTTCCAACCCACCATTGATTTCATTGTCAACAACTAGAATAATGAATGAGTTCCTTCATATATACTCTTTCCATCCCAAAATATAAGCAAAAATAAGTTAATATAAATTGATGTATTTGGTACAAATTTTGAACAAAATGTATTGACTTTTGCTGATTAATTTTTGGACGGAGGGAAT | |||||||||
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gi|9672056|gb|AL372303.1|AL372303 MtBA50A07R1 MtBA Medicago truncatula cDNA clone MtBA50A07 T7, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): GTGTTGATGAAATTAAGACAAAACTTGATGCTGCTAACAAAGCCGTGTCAAAGATTGGTCAGCATATGTCAGGTGGGTCAAGTGGAGGTTCCTCTGATGGAGGTTCTCCAGGTGGTGGTGATCAGGCTCCAGAGGCAGAGTATGAAGAGGTCAAGAAGTGAGACAACTTAGGCGTTGCTTTGTAGCATTTTTCTTCTTACTAATCATCACATAATTGCTGGAAGCATACAAGGTTGCTTATTTTTTGTATTTTTTAGTAGAAGGCTCCTTATTTTGTCGTACTGTTTGAGTACTGAAAACAGCTGTTCGAATAACATCATTAAAATTTGTGCGTACGAAGTTATCTACTCCCTCCGTTCCAAATTGTATGTCGCTTTAGGGAAAAAATTTGTCCTAAATTGTACGTCGCTTTACAATACCAATGCAACTTTAATGTTACTTTTTCTATTATACCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAGGGGGGGCCCGGTACGC | |||||||||
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gi|7642970|gb|AW736124.1|AW736124 EST332110 KV3 Medicago truncatula cDNA clone pKV3-5L23, mRNA sequence ATTTGGGACGGAGGGAGTATA EST sequence (targeted fragment marked with yellow): TATTTTAAATGCTTTACTTTTAAAACCGAAAATTGTATGTTTGCCATTATACCATAGGTTAAATTCACACATAAGCATTTACTATGTCTTGTGACTCTCTTCTTCTAATTGTGGAGAAAGATTGTTTTACACAACAAAAATTTGCAATGGAATACTTGTTTTTTAACTAGTTGAGTAATAGATGAAAACTGAAAACTATCTTAAAAGAGTTGGTAAAGTCAGATTAGCTAGGTACGTAGAGTCTTAACCATTAGCTTTAGTTTATAACAACTCCAAACCAATGTTGATTATGACTTGTATTCATTGGGAAAGATATCTATGTAGGGGAACCATGTCAAATTAAATTAATAAGTCGCTTTGTCCACCAATGCTTGATACACATGATACAATATTTTCCTTCCGTTCTAAATTAATTCATTTAATCAATTTACAAAAATTAAGAAATATTAAAAATTATTTTATTAATCAAGTGATTAGACTCGAGTTGTTAATGAAATCCACCAAAAAATTAATTGTTCGGGAAAAACTGAGTTCGATTTTTAGATGAAACAATTCTTAATCAAACTTTAATAACTAAACAGTGGATTATTATGAAACTTTAATAACTGGGTAGAAG | |||||||||
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